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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000349

染色体: Chr01 坐标: 7167714-7170836 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000349
名称SmilChr01G000349
描述protein LATERAL ROOT PRIMORDIUM 1-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向7167714 - 7170836 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016524
GeneID131016524
locus_tag-
NCBI NameLOC131016524
原始查询SmilChr01G000349

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein LATERAL ROOT PRIMORDIUM 1-like
产物protein LATERAL ROOT PRIMORDIUM 1-like
ArabidopsisAT5G12330 (LRP1)
Lateral root primordium (LRP) protein-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831108]
identity=49.2; qcov=0.927; evalue=3.37e-74; confidence=high
RiceOs01g0954500
-
identity=51.1; qcov=0.956; evalue=8.06e-74; confidence=high
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0045893 (positive regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
PfamPF05142 (DUF702)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016524

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057801222.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801222.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057801222.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057801222.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057801222.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:7169032 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C58
Chr1:7169084 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B138,B41,B49,B50,B77
Chr1:7169141 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr1:7170433 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C23,C26,C32,C68
Chr1:7170478 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B60
Chr1:7170484 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C12,C31,D10
Chr1:7170526 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A10,B75,C71
Chr1:7170534 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr1:7170586 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B138,B41,B49,B50
Chr1:7170588 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C49
Chr1:7170737 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B77,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801222.1
344 aa
N
1
172
344
DUF702
C
PF05142 DUF702 131-288 aa
XP_057801229.1
344 aa
N
1
172
344
DUF702
C
PF05142 DUF702 131-288 aa
XP_057801235.1
344 aa
N
1
172
344
DUF702
C
PF05142 DUF702 131-288 aa
XP_057801238.1
342 aa
N
1
171
342
DUF702
C
PF05142 DUF702 131-286 aa
XP_057801247.1
342 aa
N
1
171
342
DUF702
C
PF05142 DUF702 131-286 aa
XP_057801254.1
342 aa
N
1
171
342
DUF702
C
PF05142 DUF702 131-286 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057801222.1 Pfam PF05142 DUF702 Family 131 288 3.7e-61 206.8 Domain of unknown function (DUF702)
XP_057801229.1 Pfam PF05142 DUF702 Family 131 288 3.7e-61 206.8 Domain of unknown function (DUF702)
XP_057801235.1 Pfam PF05142 DUF702 Family 131 288 3.7e-61 206.8 Domain of unknown function (DUF702)
XP_057801238.1 Pfam PF05142 DUF702 Family 131 286 3.2e-61 207.0 Domain of unknown function (DUF702)
XP_057801247.1 Pfam PF05142 DUF702 Family 131 286 3.2e-61 207.0 Domain of unknown function (DUF702)
XP_057801254.1 Pfam PF05142 DUF702 Family 131 286 3.2e-61 207.0 Domain of unknown function (DUF702)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945252.1
GAAAAGCAAAGTTTGGCTTTAGCATGTGAACTTAGGGCTTCAAGAACCTATACGACCTACGAAACTAAAAAGTCATCCTCTCCCTCTCTCACGCTCTCTATATCACACATACACTCTCTCTCTCTCTCTTTCTCTCACACACACACTTTTGCTTTTCTATAGTGCATTCTCTCTCCAATAATCACAAACCATAATCCACTCGAGCGAAAGGTCGAGGGGATCTCACTTCAATTCTTCATTTCTTGAGGAGAGAGAGAAGA...
XM_057945246.1
AAAAAGTCATCCTCTCCCTCTCTCACGCTCTCTATATCACACATACACTCTCTCTCTCTCTCTTTCTCTCACACACACACTTTTGCTTTTCTATAGTGCATTCTCTCTCCAATAATCACAAACCATAATCCACTCGAGCGAAAGGTCGAGGGGATCTCACTTCAATTCTTCATTTCTTGAGGAGAGAGAGAAGATTGACGATGGAGAAAAAAAGTTGCAGTCCAAGAACAAATACACTCGTACTGAGTATCCGTATAGTT...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC131016524
ATGTGGCCTTCCCCTGCGCGGCCCCACATCAATTGCGGCCTCCCCCCGGAGTTCTTCTTCGTCGCGCCGGCTTCTTCTTTCCACCACCACCCGGAGGCCGTCACCGCCGCCTCCACCATCAATTTCGACCCTCATTCCCTCAACGCCTCCAGTGCCATCGGCGTCATCCCTCTCCTCACTGCTGCACCTTGTATGGCTTCGGATGAGGATTTGTTCAACCGTCGCGGTGGCGGCGGCAGCGGCAGCGGCAGCGGAATGCA...
LOC131016524
ATGTGGCCTTCCCCTGCGCGGCCCCACATCAATTGCGGCCTCCCCCCGGAGTTCTTCTTCGTCGCGCCGGCTTCTTCTTTCCACCACCACCCGGAGGCCGTCACCGCCGCCTCCACCATCAATTTCGACCCTCATTCCCTCAACGCCTCCAGTGCCATCGGCGTCATCCCTCTCCTCACTGCTGCACCTTGTATGGCTTCGGATGAGGATTTGTTCAACCGTCGCGGTGGCGGCGGCAGCGGCAGCGGCAGCGGAATGCA...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057801222.1
MWPSPARPHINCGLPPEFFFVAPASSFHHHPEAVTAASTINFDPHSLNASSAIGVIPLLTAAPCMASDEDLFNRRGGGGSGSGSGMQLWQHHQQGQNSPAYLIKPMTVEHPNLLQSGGGGGGGASSSAAGTTTCQDCGNQAKKDCPHRRCRTCCKSRGYDCTTHLKSTWVPAARRRERQLLATSGATAGSSQSTSGTKKPRLGGASQTTTASHTSTSNTTQARSFDTTSSHQDAGFKESLPGQVRAPAVFKCVRVTAVDD...
XP_057801229.1
MWPSPARPHINCGLPPEFFFVAPASSFHHHPEAVTAASTINFDPHSLNASSAIGVIPLLTAAPCMASDEDLFNRRGGGGSGSGSGMQLWQHHQQGQNSPAYLIKPMTVEHPNLLQSGGGGGGGASSSAAGTTTCQDCGNQAKKDCPHRRCRTCCKSRGYDCTTHLKSTWVPAARRRERQLLATSGATAGSSQSTSGTKKPRLGGASQTTTASHTSTSNTTQARSFDTTSSHQDAGFKESLPGQVRAPAVFKCVRVTAVDD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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