当前解析结果
SmilChr01G000372| 统一新 Gene ID | SmilChr01G000372 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G000372 |
| 描述 | protein AE7-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 7674973 - 7679524 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131006464 |
|---|---|
| GeneID | 131006464 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131006464 |
| 原始查询 | SmilChr01G000372 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein AE7-like |
| 产物 | protein AE7-like |
| Arabidopsis | AT1G68310 (AE7)MIP18 family protein (DUF59) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843160] identity=77.8; qcov=0.968; evalue=3.25e-87; confidence=high |
| Rice | Os04g0596400- identity=80.4; qcov=1; evalue=2.94e-94; confidence=high |
| GO | GO:0016226 (iron-sulfur cluster assembly); GO:0106035 (GO:0106035) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01883 (FeS_assembly_P) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131006464 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057789603.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.80000 | XP_057789603.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057789603.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057789603.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057789603.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:7675320 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B15,D1 |
Chr1:7675325 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A16,B29 |
Chr1:7675382 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B119,B41,B49,B50 |
Chr1:7675753 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B109 |
Chr1:7676071 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C37 |
Chr1:7676078 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B15,D1 |
Chr1:7676768 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B41,B49,B50,B60 |
Chr1:7676769 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B54,C1,C37 |
Chr1:7676771 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A16,B29 |
Chr1:7676781 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 3 | B54,C1,C37 |
Chr1:7676781 |
AT |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 3 | B54,C1,C37 |
Chr1:7676802 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C57 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057789603.1PF01883
FeS_assembly_P 39-107 aa
XP_057789604.1PF01883
FeS_assembly_P 39-107 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057789603.1 |
Pfam | PF01883 |
FeS_assembly_P | Domain | 39 | 107 | 1.4e-07 | 32.4 | Iron-sulfur cluster assembly protein |
XP_057789604.1 |
Pfam | PF01883 |
FeS_assembly_P | Domain | 39 | 107 | 1.4e-07 | 32.4 | Iron-sulfur cluster assembly protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。