当前解析结果
SmilChr01G000381| 统一新 Gene ID | SmilChr01G000381 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G000381 |
| 描述 | formin-like protein 1 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 7822624 - 7827346 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131006471 |
|---|---|
| GeneID | 131006471 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131006471 |
| 原始查询 | SmilChr01G000381 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | formin-like protein 1 |
| 产物 | formin-like protein 1 |
| Arabidopsis | AT3G25500 (AFH1)formin homology 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822136] identity=71.6; qcov=0.52; evalue=0; confidence=medium |
| Rice | Os01g0897700 (OsFH1)- identity=68.5; qcov=0.486; evalue=0; confidence=medium |
| GO | GO:0030036 (actin cytoskeleton organization); GO:0045010 (actin nucleation); GO:0051015 (actin filament binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02181 (FH2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131006471 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057789611.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057789611.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057789611.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057789611.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057789611.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:7823039 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B124 |
Chr1:7823099 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A22,B129,B98,C3,D8 |
Chr1:7823174 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A22,B129,B98,C3,D8 |
Chr1:7823300 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B54,C1,C37 |
Chr1:7824249 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B25,C26,C80,C83,C9 |
Chr1:7824389 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr1:7825221 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A3,D7 |
Chr1:7825338 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B78,C8 |
Chr1:7825483 |
ACC |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 8 | B21,B40,B52,C29,C38,C58,C62,D10 |
Chr1:7825486 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 9 | B20,B21,B40,B52,C29,C38,C58,C62,D10 |
Chr1:7825500 |
G |
GC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 45 | A1,A14,A19,A24,A5,B105,B108,B124,B128,B135,B136,B17,B42,B43,B46,B47,B52,B61,B64,B67,B69,B7,B71,B80,B81,B92,C12,C16,C19,C3,C30,C33,C39,C41,C46,C48,C49,C55,C65,C68,C69,C73,C77,C9,D3 |
Chr1:7825504 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 44 | A1,A14,A19,A24,B105,B108,B124,B128,B135,B136,B17,B42,B43,B46,B47,B52,B61,B64,B67,B69,B7,B71,B80,B81,B92,C12,C16,C19,C3,C30,C33,C39,C41,C46,C48,C49,C55,C65,C68,C69,C73,C77,C9,D3 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057789611.1PF02181
FH2 502-903 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057789611.1 |
Pfam | PF02181 |
FH2 | Family | 502 | 903 | 2.5e-117 | 392.9 | Formin Homology 2 Domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。