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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000381

染色体: Chr01 坐标: 7822624-7827346 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000381
名称SmilChr01G000381
描述formin-like protein 1
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向7822624 - 7827346 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006471
GeneID131006471
locus_tag-
NCBI NameLOC131006471
原始查询SmilChr01G000381

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述formin-like protein 1
产物formin-like protein 1
ArabidopsisAT3G25500 (AFH1)
formin homology 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822136]
identity=71.6; qcov=0.52; evalue=0; confidence=medium
RiceOs01g0897700 (OsFH1)
-
identity=68.5; qcov=0.486; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0030036 (actin cytoskeleton organization); GO:0045010 (actin nucleation); GO:0051015 (actin filament binding)
KEGG-
PfamPF02181 (FH2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006471

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057789611.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789611.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789611.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789611.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057789611.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:7823039 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B124
Chr1:7823099 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A22,B129,B98,C3,D8
Chr1:7823174 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A22,B129,B98,C3,D8
Chr1:7823300 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B54,C1,C37
Chr1:7824249 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B25,C26,C80,C83,C9
Chr1:7824389 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:7825221 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A3,D7
Chr1:7825338 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B78,C8
Chr1:7825483 ACC A 2bp_deletion frameshift_variant 8 B21,B40,B52,C29,C38,C58,C62,D10
Chr1:7825486 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 9 B20,B21,B40,B52,C29,C38,C58,C62,D10
Chr1:7825500 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 45 A1,A14,A19,A24,A5,B105,B108,B124,B128,B135,B136,B17,B42,B43,B46,B47,B52,B61,B64,B67,B69,B7,B71,B80,B81,B92,C12,C16,C19,C3,C30,C33,C39,C41,C46,C48,C49,C55,C65,C68,C69,C73,C77,C9,D3
Chr1:7825504 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 44 A1,A14,A19,A24,B105,B108,B124,B128,B135,B136,B17,B42,B43,B46,B47,B52,B61,B64,B67,B69,B7,B71,B80,B81,B92,C12,C16,C19,C3,C30,C33,C39,C41,C46,C48,C49,C55,C65,C68,C69,C73,C77,C9,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789611.1
954 aa
N
1
477
954
FH2
C
PF02181 FH2 502-903 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789611.1 Pfam PF02181 FH2 Family 502 903 2.5e-117 392.9 Formin Homology 2 Domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XR_009095536.1
TAATTTAATCCCCGCCTTTTTCACCCTTTCTTCTTTACTGTGTGTATCCCTTCCCACCTCTCACACTCTCACTGACTCACCTTGTTCATGTAGCTCTCTCTCTCTCTCTTCTCTCTACTCTCTCTTCTCTATTCTCTGTCTGTCTCTCTCTCTCACACACACAGATAAGCAGAGCAACACGGTGTGTGTGCAATGTGACTGGATATTCTCACATTCCTCCACCCCCAAATCTGGCATTAACTCTCTATCTCTTTCTTAGA...
XM_057933628.1
TAATTTAATCCCCGCCTTTTTCACCCTTTCTTCTTTACTGTGTGTATCCCTTCCCACCTCTCACACTCTCACTGACTCACCTTGTTCATGTAGCTCTCTCTCTCTCTCTTCTCTCTACTCTCTCTTCTCTATTCTCTGTCTGTCTCTCTCTCTCACACACACAGATAAGCAGAGCAACACGGTGTGTGTGCAATGTGACTGGATATTCTCACATTCCTCCACCCCCAAATCTGGCATTAACTCTCTATCTCTTTCTTAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006471
ATGCCCTCCTCCAGCATCCTCCTCCTCTTCTTGTTATCCTGGATGAGCAGCACCGCCGCCCTCCACCGCCGCCGTATTCTCCACCAGCCATTCTTCCCGCAGGATTCCTCCCCCCCTTCACAGCCCCCTACCCCGCCCCCACCGCCACCACCCATCCCCAAATACCCCTTTTCCACTTCTACCCCCAACAACACCCCATTCTTCCCATCCGATCCCTCTTCCCCACCGCCCCCCTCCCCGGCCTCCCTCGCCTCCTTCCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789611.1
MPSSSILLLFLLSWMSSTAALHRRRILHQPFFPQDSSPPSQPPTPPPPPPPIPKYPFSTSTPNNTPFFPSDPSSPPPPSPASLASFPANITSLNLPHSKSKSASAKLIAAAVAAVIAAVVILTLAFFIHFRNRRRTERSSAHDHAKSQRSDSTTTTTATTFRGPPDNRHIPKLQRPSQTSSEFLYLGTLVNSHAAAATTGGGIIYNGSSSAPGDNRTSNPRKMDSPELRPLPPLNAQQSSRRSYRNNADVASSRDDEDEE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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