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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000408

染色体: Chr01 坐标: 8329720-8331318 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000408
名称SmilChr01G000408
描述uncharacterized SmilChr01G000408
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向8329720 - 8331318 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013931
GeneID131013931
locus_tag-
NCBI NameLOC131013931
原始查询SmilChr01G000408

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013931

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057797878.1
2 Nucleoplasm 核质 0.80000 XP_057797878.1
3 Nuclear body 核内小体 0.40000 XP_057797878.1
4 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057797878.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057797878.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:8329724 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C87
Chr1:8329726 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,C87
Chr1:8329727 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C30
Chr1:8329731 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C30
Chr1:8329739 ATT A 2bp_deletion frameshift_variant 10 B135,B22,B41,B60,B8,B83,B85,C10,C42,C52
Chr1:8329742 A ATC 2bp_insertion frameshift_variant 25 A8,B108,B114,B135,B14,B22,B28,B31,B41,B60,B7,B8,B83,B85,B91,C10,C42,C51,C52,C56,C59,C60,C74,C77,D11
Chr1:8329745 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 7 B108,B14,B28,B31,B7,C59,C77
Chr1:8329785 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A3
Chr1:8329801 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B89,C10
Chr1:8329806 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B137
Chr1:8329822 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B137
Chr1:8329839 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C52,C62

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941895.1
ATGGCCTCTACCTCCGGCGCCCAACCTGCCTTCTCCCCTTCTCCTTCTCCCTCTCCCTCTCCTCAGGCTACTCCGCCTTCTTCTCCTCCCCAGGACCCCTCGGTTGCTCCCCTTTCTGTCGAGCCCGCCACTCCCCGGGATTCTCCGGCTGCCTCTGAATCTCCTCCCCCTACCCCCAGGACTCCCAAAACTATTCCTGCCTCCCGGTTAGGTTTTGCGGAGATGGAACAGATGTTTGAGAAATGCGGAGCTGGCAGAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013931
ATGGCCTCTACCTCCGGCGCCCAACCTGCCTTCTCCCCTTCTCCTTCTCCCTCTCCCTCTCCTCAGGCTACTCCGCCTTCTTCTCCTCCCCAGGACCCCTCGGTTGCTCCCCTTTCTGTCGAGCCCGCCACTCCCCGGGATTCTCCGGCTGCCTCTGAATCTCCTCCCCCTACCCCCAGGACTCCCAAAACTATTCCTGCCTCCCGGTTAGGTTTTGCGGAGATGGAACAGATGTTTGAGAAATGCGGAGCTGGCAGAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797878.1
MASTSGAQPAFSPSPSPSPSPQATPPSSPPQDPSVAPLSVEPATPRDSPAASESPPPTPRTPKTIPASRLGFAEMEQMFEKCGAGRESAIPVVDVDDDVPISALVRDIPTPASRQVQQKRKAAVQALAEKRRKKGPSKADRLVDPEVGSAGGAEAASVDAEGSEVPALPAGESGASGSRPISSLKGRDFVRTLLSHIHPKDRETTGKSKRAILANQLSQLALQLESRVGEAIQCIDDYDALEKDLEKEKERTASRDEEVA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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