当前解析结果
SmilChr01G000441| 统一新 Gene ID | SmilChr01G000441 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G000441 |
| 描述 | mitochondrial import receptor subunit TOM40-1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 8925764 - 8930684 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131006511 |
|---|---|
| GeneID | 131006511 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131006511 |
| 原始查询 | SmilChr01G000441 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | mitochondrial import receptor subunit TOM40-1-like |
| 产物 | mitochondrial import receptor subunit TOM40-1-like |
| Arabidopsis | AT3G20000 (TOM40)translocase of the outer mitochondrial membrane 40 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821538] identity=76; qcov=1; evalue=1.33e-178; confidence=high |
| Rice | Os03g0323800 (NP1977)- identity=77.7; qcov=1; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0005741 (mitochondrial outer membrane); GO:0005742 (mitochondrial outer membrane translocase complex); GO:0008320 (transmembrane protein transporter activity); GO:0030150 (protein import into mitochondrial matrix) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01459 (Porin_3) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131006511 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Mitochondrion | 线粒体 | 1.00000 | XP_057789642.1 |
| 2 | Mitochondrion membrane | 线粒体膜 | 1.00000 | XP_057789642.1 |
| 3 | Mitochondrion outer membrane | 线粒体外膜 | 1.00000 | XP_057789642.1 |
| 4 | Mitochondrion inner membrane | 线粒体内膜 | 0.20000 | XP_057789642.1 |
| 5 | Membrane raft | 膜筏 | 0.20000 | XP_057789642.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:8927096 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C27,C41 |
Chr1:8927141 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B126,B9,B99,C44 |
Chr1:8927325 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B65,B82,C49 |
Chr1:8927467 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B65,B82,C49 |
Chr1:8929444 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C34,C55 |
Chr1:8930299 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057789642.1PF01459
Porin_3 30-302 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057789642.1 |
Pfam | PF01459 |
Porin_3 | Family | 30 | 302 | 8.3e-67 | 226.2 | Eukaryotic porin |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。