Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000441

染色体: Chr01 坐标: 8925764-8930684 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000441
名称SmilChr01G000441
描述mitochondrial import receptor subunit TOM40-1-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向8925764 - 8930684 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006511
GeneID131006511
locus_tag-
NCBI NameLOC131006511
原始查询SmilChr01G000441

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述mitochondrial import receptor subunit TOM40-1-like
产物mitochondrial import receptor subunit TOM40-1-like
ArabidopsisAT3G20000 (TOM40)
translocase of the outer mitochondrial membrane 40 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821538]
identity=76; qcov=1; evalue=1.33e-178; confidence=high
RiceOs03g0323800 (NP1977)
-
identity=77.7; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005741 (mitochondrial outer membrane); GO:0005742 (mitochondrial outer membrane translocase complex); GO:0008320 (transmembrane protein transporter activity); GO:0030150 (protein import into mitochondrial matrix)
KEGG-
PfamPF01459 (Porin_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006511

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057789642.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 1.00000 XP_057789642.1
3 Mitochondrion outer membrane 线粒体外膜 1.00000 XP_057789642.1
4 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 0.20000 XP_057789642.1
5 Membrane raft 膜筏 0.20000 XP_057789642.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:8927096 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C27,C41
Chr1:8927141 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B126,B9,B99,C44
Chr1:8927325 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B65,B82,C49
Chr1:8927467 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B65,B82,C49
Chr1:8929444 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C34,C55
Chr1:8930299 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789642.1
309 aa
N
1
154
309
Porin_3
C
PF01459 Porin_3 30-302 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789642.1 Pfam PF01459 Porin_3 Family 30 302 8.3e-67 226.2 Eukaryotic porin

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933659.1
CTCTTTGGGTGTTTTACAACAAAAATTTCCCAATTTCCAAGACACGTTTATCCTAAAAACGGGTCGGGTCAAGACCGCATTTGGTGGGTTTAAGGGTTTTACGATATTGGGGAAAAATCTTTTTGGCTCAGTTTCTGCACATTTAAATAGCCGCTTTCTCTGTTAGCTAGAAGAAGAAGAATTCGCAGCACTCTTCTTCTACTTCAATCTTTGCAATCGGGAAAACGAACTCGTCTTCGCCGGCAACGGATCTGAGTAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006511
ATGGCAGCGCTTGTTCCTCCGTCCCCCGCCTCGCCGGCGGCGAGTTCAGATGCGGAGCACCCTAAAGTTGACTACCTAAATCTGCCTTGCCCCATTCCCTACGAAGAAATTCATCGGGAGGCACTCATGTCCTTGAAGCCAGAACTCTTTGAAGGATTGCGTTTTGATTTTACAAAAGGACTCAATCAAAAATTTTCACTCAGCCACAGTGTGATGATGGGACCTACTGAGATTCCTGCTCAATCTGCTGATACAATTAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789642.1
MAALVPPSPASPAASSDAEHPKVDYLNLPCPIPYEEIHREALMSLKPELFEGLRFDFTKGLNQKFSLSHSVMMGPTEIPAQSADTIKIPTAHYEFGANFIDPQLMLFGRVMTDGRLNARLKCDLTDNLTLKGNAQLTNEPHMSHGMFNFDYKGSDYRTQFQIGNGALLGASYIQSVTRNLSLGGEVFWAGQHRKSGIGYAARYNTDKMVATGQVASTGMVALSYVQKVSDKVSLATDFMYNYMSGDVTSSVGYDYMLRQC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器