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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000450

染色体: Chr01 坐标: 9172624-9187531 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000450
名称SmilChr01G000450
描述phospholipase SGR2-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向9172624 - 9187531 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006520
GeneID131006520
locus_tag-
NCBI NameLOC131006520
原始查询SmilChr01G000450

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述phospholipase SGR2-like
产物phospholipase SGR2-like
ArabidopsisAT1G31480 (SGR2)
shoot gravitropism 2 (SGR2) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840038]
identity=60.7; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs08g0110700 (FSE1)
-
identity=57.6; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004620 (glycerophospholipase activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0046872 (metal ion binding)
KEGG-
PfamPF02862 (DDHD)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006520

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057789653.1
2 Golgi apparatus 高尔基体 0.60000 XP_057789651.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057789653.1
4 Trans-golgi network Trans-golgi network 0.20000 XP_057789652.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789651.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:9175670 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,C11,C69,D9
Chr1:9178323 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,C11,C69,D9
Chr1:9185532 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39
Chr1:9186625 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C3,D8
Chr1:9186792 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr1:9187141 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C25
Chr1:9187144 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A16,B29

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789651.1
913 aa
N
1
456
913
DDHD
DDHD
C
PF02862 DDHD 654-792 aa PF02862 DDHD 782-852 aa
XP_057789652.1
824 aa
N
1
412
824
DDHD
DDHD
C
PF02862 DDHD 565-703 aa PF02862 DDHD 693-763 aa
XP_057789653.1
776 aa
N
1
388
776
DDHD
C
PF02862 DDHD 654-766 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789651.1 Pfam PF02862 DDHD Family 654 792 1.6e-44 153.7 DDHD domain
XP_057789651.1 Pfam PF02862 DDHD Family 782 852 1.6e-44 153.7 DDHD domain
XP_057789652.1 Pfam PF02862 DDHD Family 565 703 7.2e-45 154.9 DDHD domain
XP_057789652.1 Pfam PF02862 DDHD Family 693 763 7.2e-45 154.9 DDHD domain
XP_057789653.1 Pfam PF02862 DDHD Family 654 766 3.6e-31 110.0 DDHD domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933670.1
AAAGAGTAACATTTCCGAAATTCAAATGGCAAAACATAATTTGCCGAAATAAGTATAACTAATTAGGGAATTTTGATTCCTAGATTTAATATTTTTACGTGAAGCAGATTTTCTCATATGTTATGAATTATAGTTTGCGGAGTGTTCATAATTTCTCACTCAAAACTGTTTTGGTAGTTTTCTCATCCTGATCATTTGATGAAGCCTAGTTGATAAGGCGAATGTGCGAGCTGAATCAAATCCTAAATTTTGTGTTTCTA...
XM_057933668.1
TAACATTTCCGAAATTCAAATGGCAAAACATAATTTGCCGAAATAAGTATAACTAATTAGGGAATTTTGATTCCTAGATTTAATATTTTTACGTGAAGCAGATTTTCTCATATGTTATGAATTATAGTTTGCGGAGTGTTCATAATTTCTCACTCAAAACTGTTTTGGTAGTTTTCTCATCCTGATCATTTGATGAAGCCTAGTTGATAAGGCGAATGTAGCAATGGAATCGGATGTCACGGCTGCTGGCGGCGAGGTGG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131006520
ATGGAATCGGATGTCACGGCTGCTGGCGGCGAGGTGGAGAAGACATCGCCGGATATGTTAAAGAATACGCCGATGAATATAATGCGGTTAACTAGTGAGATCGAGCAATGTGAGGGTAGGCAGAAATATCTGGCACATACTAGCAGTCCGTCAGACGGCGGCGATGTGCGGTGGTACTTTTCCAAGGTTCCATTGGCGGCCAACGAGCTAGCTGCCTCAATCCCTCAAACAGAAATTGTTGGAAAAGGTGATTATTTTCG...
LOC131006520
ATGGAATCGGATGTCACGGCTGCTGGCGGCGAGGTGGAGAAGACATCGCCGGATATGTTAAAGAATACGCCGATGAATATAATGCGGTTAACTAGTGAGATCGAGCAATGTGAGGGTAGGCAGAAATATCTGGCACATACTAGCAGTCCGTCAGACGGCGGCGATGTGCGGTGGTACTTTTCCAAGGTTCCATTGGCGGCCAACGAGCTAGCTGCCTCAATCCCTCAAACAGAAATTGTTGGAAAAGGTGATTATTTTCG...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057789651.1
MESDVTAAGGEVEKTSPDMLKNTPMNIMRLTSEIEQCEGRQKYLAHTSSPSDGGDVRWYFSKVPLAANELAASIPQTEIVGKGDYFRFGMRDSLAIEALFLQREDELLSSWWKECAESSDGPLGTSVISKSTLQINRTSSGIPQSYQLYATDEERVGVPVKGGLYEVDLVRRHCFPVYWNGDNRRVLRGHWFARRGGLDWLPLREDVSEQLEYAYRNKVWRRRTFQLSGLFAARVDIQGPTPGLHALFIGEDDTWEAWLG...
XP_057789652.1
MRDSLAIEALFLQREDELLSSWWKECAESSDGPLGTSVISKSTLQINRTSSGIPQSYQLYATDEERVGVPVKGGLYEVDLVRRHCFPVYWNGDNRRVLRGHWFARRGGLDWLPLREDVSEQLEYAYRNKVWRRRTFQLSGLFAARVDIQGPTPGLHALFIGEDDTWEAWLGVDACGFSGVVKFGKHGINLRRGYAPPQSQKPTQDELRQQQEEEMDDYCSQVPVGHLVFMVHGIGQRLEKSNLVDDVGDFRHITASIAER...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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