当前解析结果
SmilChr01G000450| 统一新 Gene ID | SmilChr01G000450 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G000450 |
| 描述 | phospholipase SGR2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 9172624 - 9187531 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131006520 |
|---|---|
| GeneID | 131006520 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131006520 |
| 原始查询 | SmilChr01G000450 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | phospholipase SGR2-like |
| 产物 | phospholipase SGR2-like |
| Arabidopsis | AT1G31480 (SGR2)shoot gravitropism 2 (SGR2) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840038] identity=60.7; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os08g0110700 (FSE1)- identity=57.6; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0004620 (glycerophospholipase activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0046872 (metal ion binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02862 (DDHD) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131006520 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057789653.1 |
| 2 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 0.60000 | XP_057789651.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057789653.1 |
| 4 | Trans-golgi network | Trans-golgi network | 0.20000 | XP_057789652.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057789651.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:9175670 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B104,C11,C69,D9 |
Chr1:9178323 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B104,C11,C69,D9 |
Chr1:9185532 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C39 |
Chr1:9186625 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C3,D8 |
Chr1:9186792 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B44 |
Chr1:9187141 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C25 |
Chr1:9187144 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A16,B29 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057789651.1PF02862
DDHD 654-792 aa
PF02862
DDHD 782-852 aa
XP_057789652.1PF02862
DDHD 565-703 aa
PF02862
DDHD 693-763 aa
XP_057789653.1PF02862
DDHD 654-766 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057789651.1 |
Pfam | PF02862 |
DDHD | Family | 654 | 792 | 1.6e-44 | 153.7 | DDHD domain |
XP_057789651.1 |
Pfam | PF02862 |
DDHD | Family | 782 | 852 | 1.6e-44 | 153.7 | DDHD domain |
XP_057789652.1 |
Pfam | PF02862 |
DDHD | Family | 565 | 703 | 7.2e-45 | 154.9 | DDHD domain |
XP_057789652.1 |
Pfam | PF02862 |
DDHD | Family | 693 | 763 | 7.2e-45 | 154.9 | DDHD domain |
XP_057789653.1 |
Pfam | PF02862 |
DDHD | Family | 654 | 766 | 3.6e-31 | 110.0 | DDHD domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
3 records
下载 cDNA FASTA3 records
下载 CDS FASTA3 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。