Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G000453`

染色体: Chr01 坐标: 9199944-9203454 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G000453`
名称	SmilChr01G000453
描述	ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	9199944 - 9203454 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131006521`
GeneID	`131006521`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131006521`
原始查询	`SmilChr01G000453`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2
产物	ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2
Arabidopsis	`AT1G65650` (UCH2) Peptidase C12, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842876] identity=78.4; qcov=1; evalue=1.13e-176; confidence=high
Rice	`Os02g0822200` (OJ1119_A01.19-1) - identity=74.9; qcov=1; evalue=1.28e-178; confidence=high
GO	GO:0004843 (cysteine-type deubiquitinase activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006511 (ubiquitin-dependent protein catabolic process); GO:0016579 (protein deubiquitination)
KEGG	smil03082 (ATP-dependent chromatin remodeling - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01088 (Peptidase_C12); PF18031 (UCH_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131006521

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057789654.1`
2	Nucleoplasm	核质	1.00000	`XP_057789654.1`
3	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057789654.1`
4	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057789654.1`
5	Vesicle	囊泡	0.40000	`XP_057789654.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:9200583`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A5
`Chr1:9201058`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789654.1

334 aa

167

334

Peptidase_C12

UCH_C

PF01088 Peptidase_C12 3-207 aa PF18031 UCH_C 275-320 aa

XP_057789655.1

334 aa

167

334

Peptidase_C12

UCH_C

PF01088 Peptidase_C12 3-207 aa PF18031 UCH_C 275-320 aa

XP_057789656.1

315 aa

158

315

Peptidase_C12

UCH_C

PF01088 Peptidase_C12 2-188 aa PF18031 UCH_C 256-301 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057789654.1`	Pfam	`PF01088`	Peptidase_C12	Domain	3	207	3.6e-64	217.1	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase, family 1
`XP_057789654.1`	Pfam	`PF18031`	UCH_C	Domain	275	320	2.6e-20	72.7	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolases
`XP_057789655.1`	Pfam	`PF01088`	Peptidase_C12	Domain	3	207	3.6e-64	217.1	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase, family 1
`XP_057789655.1`	Pfam	`PF18031`	UCH_C	Domain	275	320	2.6e-20	72.7	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolases
`XP_057789656.1`	Pfam	`PF01088`	Peptidase_C12	Domain	2	188	1e-53	183.0	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase, family 1
`XP_057789656.1`	Pfam	`PF18031`	UCH_C	Domain	256	301	2.4e-20	72.8	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolases

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XM_057933671.1
CCAAAAGGTCCAAAACCCATAAAGTTTATACCGAAGAAAAGCTCATTGTCGCCGCTGAGCCACCTCCTTCCGCCGCCCTAGTTTTAGGTATACTCCTTCTCCAATTTACCATAACTACACTCCTTGATTTCAATTGAAACAAATTTCTAGTAAAAGCACGGAGTGCGAGTTAGCTGTTTTTCCGGCTAGAATAAAAATTTGGTGATTTTGATATACAATATGTCTTGGTGCACTATTGAATCGGATCCTGGTGTTTTCAC...

XM_057933672.1
CAAAAGGTCCAAAACCCATAAAGTTTATACCGAAGAAAAGCTCATTGTCGCCGCTGAGCCACCTCCTTCCGCCGCCCTAGTTTTAGTGATTTTGATATACAATATGTCTTGGTGCACTATTGAATCGGATCCTGGTGTTTTCACAGAACTTATACAGCAGATGCAAGTGAAAGGTGTTCAGGTTGAGGAGTTGTATTCTTTGGATCTTGATTCACTAGACAATCTAAGGCCAGTTTATGGGCTAATATTCCTCTTTAAAT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA

LOC131006521
ATGTCTTGGTGCACTATTGAATCGGATCCTGGTGTTTTCACAGAACTTATACAGCAGATGCAAGTGAAAGGTGTTCAGGTTGAGGAGTTGTATTCTTTGGATCTTGATTCACTAGACAATCTAAGGCCAGTTTATGGGCTAATATTCCTCTTTAAATGGCGTCCGGGAGAAAAGGATGACCGCCTTGTAATAAAGGATCCAAACCCAAACTTGTTTTTTGCCAGCCAGGTAATAAATAATGCCTGTGCAACCCAAGCAAT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA

XP_057789654.1
MSWCTIESDPGVFTELIQQMQVKGVQVEELYSLDLDSLDNLRPVYGLIFLFKWRPGEKDDRLVIKDPNPNLFFASQVINNACATQAILSILMNSPDVDIGPELSALKEFTKNFPPELKGLAINNSEAIRTAHNSFARPEPFVPEEQRASGKDDDVYHFISYIPVDGVLYELDGLKEGPISLGPCPVGGQGDIEWLRLVQPVIQERIERYSQNEIRFNLMAIIKNRKEIYTAELKELQRKRERILQQLGALQSERMVDGST...

XP_057789655.1
MSWCTIESDPGVFTELIQQMQVKGVQVEELYSLDLDSLDNLRPVYGLIFLFKWRPGEKDDRLVIKDPNPNLFFASQVINNACATQAILSILMNSPDVDIGPELSALKEFTKNFPPELKGLAINNSEAIRTAHNSFARPEPFVPEEQRASGKDDDVYHFISYIPVDGVLYELDGLKEGPISLGPCPVGGQGDIEWLRLVQPVIQERIERYSQNEIRFNLMAIIKNRKEIYTAELKELQRKRERILQQLGALQSERMVDGST...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器