Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G000468`

染色体: Chr01 坐标: 9583561-9590887 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G000468`
名称	SmilChr01G000468
描述	uncharacterized SmilChr01G000468
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	9583561 - 9590887 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131006532`
GeneID	`131006532`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131006532`
原始查询	`SmilChr01G000468`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Ulp1 protease family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832997]; symbol=AT5G28810; hit=AT5G28810; species=arabidopsis; confidence=weak
产物	Ulp1 protease family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832997]; symbol=AT5G28810; hit=AT5G28810; species=arabidopsis; confidence=weak
Arabidopsis	`AT5G28810` (AT5G28810) Ulp1 protease family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832997] identity=27.7; qcov=0.297; evalue=5.59e-08; confidence=weak
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131006532

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057789668.1`
2	Chromosome	染色体	0.40000	`XP_057789668.1`
3	Telomere	端粒	0.20000	`XP_057789668.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057789668.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057789668.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:9583664`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	3	A10,B71,B75
`Chr1:9583664`	`C`	`CA`	1bp_insertion	CDS_variant	3	A10,B71,B75
`Chr1:9583665`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	92	A11,A13,A18,A2,A7,B1,B103,B105,B106,B107,B111,B115,B119,B125,B127,B128,B129,B134,B136,B139,B17,B2,B24,B25,B26,B3,B31,B32,B34,B35,B37,B38,B39,B56,B57,B59,B6,B62,B68,B72,B74,B76,B77,B78,B79,B8,B80,B81,B83,B84,B85,B88,B89,B9,B90,B91,B92,B94,B95,B96,B97,B98,B99,C10,C15,C16,C20,C21,C22,C23,C24,C31,C35,C39,C43,C46,C53,C54,C59,C60,C65,C72,C73,C74,C8,C81,C86,C9,D11,D3,D4,D9
`Chr1:9583666`	`AGT`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	2	B9,B94
`Chr1:9583666`	`AGT`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	2	B9,B94
`Chr1:9583691`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B43,C30,C5
`Chr1:9583703`	`TTG`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	8	B28,B71,B94,C30,C51,C6,C7,D9
`Chr1:9583707`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B43,C3,C30,C5,C87
`Chr1:9583724`	`TAG`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	D10
`Chr1:9583724`	`TAG`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	D10
`Chr1:9583825`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B129,B130,C35,C59,D10
`Chr1:9583835`	`G`	`GCT`	2bp_insertion	frameshift_variant	10	B122,B13,B131,B15,C12,C26,C31,C64,C66,D1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057933685.1
CATCTTTTTCCTACTTTTCAGCCAACATGTACCATGCTTCCATCCCACCACACTTATCTATGTATCCATATTTTCATCTCAATTCTTTCATTCCACAAATACTTGAGTAAATTCTCACGTTTCACTCCCATGAGCCAGAACCAAGATTCAAGGGCTAAATCACTACAACTCATACATCAAGATCATTCTCCTCAGCAAACGAACACCCATTTCATCCAAGGCACCTTATAGGTGGAAGAGACCGTCTTTGGTTTATGAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131006532
ATGTATTACTTATTTCTCCTTTGTCAAGACGATGTGTTTATTGAGACATGGGCATGGACTTTGGTGGAGGACTTGGACGAGTGGAATTGGTTTCCATGGGGGTCTTATACCTACCAGGTGTTACTTCATTATTTGAGCTTGGCCGGAACCCGGGGTGACATGTTGGAGAAACCAGCGTACCACTTCTTCGGCCCAGTCTTGGCTTTGCAGATTAGGTCATACGAAGCTATTCCCACATTGGGTTCTACTTGTGGTACACG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057789668.1
MYYLFLLCQDDVFIETWAWTLVEDLDEWNWFPWGSYTYQVLLHYLSLAGTRGDMLEKPAYHFFGPVLALQIRSYEAIPTLGSTCGTRNSVPKFPRALMWTTRKALGDFTYFFDKELIVHESLQPSPEELDEVYSCSLDNGDMLHVRFVPPLRLTPKKNTTHVPKRRRMRSPTLERDSWQVSPAVQRGGPCSSLLRDERHSSPVVEMRERDSSPRVEMRDSPVIDSTLTCCHHGVSCRDSGKDCHDYIDQRLARMLHDESD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器