Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000469

染色体: Chr01 坐标: 9586022-9587586 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000469
名称SmilChr01G000469
描述uncharacterized SmilChr01G000469
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向9586022 - 9587586 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006535
GeneID131006535
locus_tag-
NCBI NameLOC131006535
原始查询SmilChr01G000469

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006535

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057789672.1
2 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057789672.1
3 Cell projection 细胞突起 0.20000 XP_057789672.1
4 Cilium 纤毛 0.20000 XP_057789672.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789672.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:9586828 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A19,B22,C42,C80
Chr1:9586849 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B114,C59,C62
Chr1:9586939 T TCA 2bp_insertion frameshift_variant 2 C59,C9
Chr1:9586939 T TCA 2bp_insertion CDS_variant 2 C59,C9
Chr1:9586942 TGC T 2bp_deletion frameshift_variant 2 C59,C9
Chr1:9586942 TGC T 2bp_deletion CDS_variant 2 C59,C9
Chr1:9586951 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C59,C9
Chr1:9586980 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,C4
Chr1:9587016 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B113,C67
Chr1:9587074 TTC T 2bp_deletion frameshift_variant 20 A1,A10,B105,B112,B119,B130,B16,B20,B52,B59,B67,B7,B73,C13,C16,C23,C4,C50,C56,C59
Chr1:9587077 C CAA 2bp_insertion frameshift_variant 16 A1,A10,B105,B112,B130,B16,B20,B52,B59,B67,B7,B73,C13,C23,C56,C59
Chr1:9587082 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 32 A13,A24,A9,B100,B105,B132,B137,B14,B23,B38,B46,B53,B58,B61,B71,B75,B77,B89,B95,C18,C21,C3,C30,C42,C45,C5,C61,C71,C77,C80,C84,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933689.1
CCTTATAGGTGGAAAAGACCGTCTTTGATTTATAAAACTCGTGCTATTAATCTCTATGTACGGACTTCAATATTTGAAAAGATACGAACCACATTGAAGGATGTTGGTGGAAAATCTACTATACAAACATTCAAAGGTGGAACAATTGGGCGTCTTAGTGATCACGAGAGATACGCTAGCGCCAACAATGCTCTGCATCACTTATTATCTCGACAGATTGAGGGAGGGGATATACCTCCTCATCAAGCATGGTTTGTTGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006535
ATGTGGACAACTAGAAAAGCTCTTGACGATTTCACATATTTTTTCGACAAAGAGCTTATTGTGCACAAGTCTCTTCAGCCATCCCCTGAAGAGCTAGAGGAGGTATACTACATGAGCCTAGACAATGGAGATATGCTCCATGTTAGATTCGTGTCTCCTCTACGTCTTGCATTGAAGAAGAAGACAACTCATGTTCCAAAGCAGCGTAGAATGAGATCTCCAACACTTGAAAGGGATAGTAGGCAGGTTTCGCCGGTTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789672.1
MWTTRKALDDFTYFFDKELIVHKSLQPSPEELEEVYYMSLDNGDMLHVRFVSPLRLALKKKTTHVPKQRRMRSPTLERDSRQVSPVVQRGGPRSSPLREERHSSPVVEMRERHSSPRVEMRDSPVIDSTLTCCHHGVSCRDSGKDCHDYIDQRLARMLHDESDDGFIARIARRVLSGLKKMLDCTGDKSIRLSPRRSVGHVSPVRSTSHVHHSHHSTSRVEQPLPHRSTSPESK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器