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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000488

染色体: Chr01 坐标: 9950355-9951991 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000488
名称SmilChr01G000488
描述uncharacterized SmilChr01G000488
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向9950355 - 9951991 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006536
GeneID131006536
locus_tag-
NCBI NameLOC131006536
原始查询SmilChr01G000488

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os10g0117800; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os10g0117800; species=rice; confidence=weak
ArabidopsisAT2G23460 (XLG1)
extra-large G-protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816878]
identity=43.8; qcov=0.215; evalue=2.87e-06; confidence=weak
RiceOs10g0117800
-
identity=54.3; qcov=0.157; evalue=3.68e-07; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006536

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057789673.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057789673.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789673.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789673.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789673.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:9950563 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,D10
Chr1:9950600 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A16,B29,D2,D7
Chr1:9950680 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:9951704 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B78,C60
Chr1:9951761 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B23,D6
Chr1:9951815 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A11
Chr1:9951827 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C52
Chr1:9951832 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B130
Chr1:9951864 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B114,B34,B44,C51,C74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933690.1
TCAACATATATAAATTCCGATTTGGAAGCAAAGTCTGTGACTAAAAAATCTAGCTAGTTGCAGATGGGAACAGTAGGGAAGGCGAAGAAGGAGCTAGAAGAGTTGTATCTGGGCGTCCCAGATGAATCAGTGAACCTCACATTCCAAGACTTGGCTCAACTCACCACCCATCAAAACAAGCCCAAATCTCCTCTCTCCAAGCTTCCTAGCATAGACTTTCCGAGCCCCCACCACCACCACCGCCCTCACCACCACCACCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006536
ATGGGAACAGTAGGGAAGGCGAAGAAGGAGCTAGAAGAGTTGTATCTGGGCGTCCCAGATGAATCAGTGAACCTCACATTCCAAGACTTGGCTCAACTCACCACCCATCAAAACAAGCCCAAATCTCCTCTCTCCAAGCTTCCTAGCATAGACTTTCCGAGCCCCCACCACCACCACCGCCCTCACCACCACCACCATGATGAGACTAGCGTCGTCGAGAGAGGCGGGAGGCGCCGTCCCGGGATTCCGCACTCTAATAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789673.1
MGTVGKAKKELEELYLGVPDESVNLTFQDLAQLTTHQNKPKSPLSKLPSIDFPSPHHHHRPHHHHHDETSVVERGGRRRPGIPHSNICALCCNYIYICRHRCLVCGRVYCRQCVSDGMGEMTQGRKCIDCLGRRFSQRYIHKAGNMGWCMAYPSVVKQQELKWAERGARRSGENRYQKSAVSSRSRSPVAVGLATPSRQHSNPPSFVINSPYNSPTNHHPMPF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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