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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000524

染色体: Chr01 坐标: 10701579-10702581 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000524
名称SmilChr01G000524
描述uncharacterized SmilChr01G000524
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向10701579 - 10702581 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006575
GeneID131006575
locus_tag-
NCBI NameLOC131006575
原始查询SmilChr01G000524

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006575

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057789703.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789703.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789703.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057789703.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057789703.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:10701832 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B124,B94
Chr1:10701832 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B124,B94
Chr1:10701837 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B53,D10
Chr1:10701859 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 3 B126,B9,C44
Chr1:10701859 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B126,B9,C44
Chr1:10701871 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 55 A1,A13,A14,A20,A4,A7,A8,B101,B112,B115,B121,B122,B126,B127,B13,B130,B137,B14,B15,B17,B2,B21,B25,B4,B46,B47,B49,B50,B64,B72,B76,B78,B81,B84,B89,C10,C16,C19,C20,C22,C23,C27,C29,C33,C37,C47,C52,C59,C73,C80,C81,C82,C87,D1,D5
Chr1:10701888 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B130
Chr1:10701891 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B126,B9,C44
Chr1:10701893 T TAG 2bp_insertion frameshift_variant 4 B48,C52,C65,D5
Chr1:10701893 T TAG 2bp_insertion CDS_variant 4 B48,C52,C65,D5
Chr1:10701910 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 8 A16,B74,B82,C11,C69,C71,C82,C9
Chr1:10701911 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 3 B48,C52,C65

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933720.1
CTCTCGCATATTGCTATCTCTTTCTCTCTCTCTCTCTCAATTCAACAACTATTTTCACCCCCTAAGCTACAACATGTCGTTTCCCCCCGTGGGCTCCCAATCGTGGTACCTATATCCGTGCGGATGGGACGCGAGCAAAGGTGAATTGCTACTTCAATGTCTCGTAGATAAAATCGAAGAATGAAAGCCCTCCCCGCCACATTTATCACCAAATGCTCTAATCCACGCGATGTTAACGCTAAATTCCCAACTCCGAGCGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006575
ATGTTAACGCTAAATTCCCAACTCCGAGCGGATGTTTCACTTAAAGAGACACAATACGATCAACGAATCAATGTGGTTCACGCCGTTGACGAAGTTTGGGAACGACTATTTAAGGAGAATGCATTCTTTCGCGCATACTATCATGAGGGCGAGCCGGCGTTCATGCAAATGTGCAACTTGTTTGGCATTCATGATGTGAAGACAGAGCTTTCCCATACCATTATCCTAATCGAAGATTCAACAACCGTTAAGAAACAACC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789703.1
MLTLNSQLRADVSLKETQYDQRINVVHAVDEVWERLFKENAFFRAYYHEGEPAFMQMCNLFGIHDVKTELSHTIILIEDSTTVKKQPDSSDDEVTSPIPKPVAAKKLSVDDACSSVAPSGPNPFKGSKANPWKSIKNKFHRPSPPRVRIKDDRDPSTGYGESSCASSLPFK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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