Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G000525`

染色体: Chr01 坐标: 10702889-10704042 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G000525`
名称	SmilChr01G000525
描述	uncharacterized SmilChr01G000525
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	10702889 - 10704042 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131006576`
GeneID	`131006576`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131006576`
原始查询	`SmilChr01G000525`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os04g0590366; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os04g0590366; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os04g0590366` - identity=31.8; qcov=0.456; evalue=3.31e-16; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131006576

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057789704.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057789704.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057789704.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057789704.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057789704.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:10703056`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A8,B19,B27,C56,C60
`Chr1:10703100`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A20,B138
`Chr1:10703107`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B118
`Chr1:10703134`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B25,C80
`Chr1:10703139`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B9,C44
`Chr1:10703189`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D2
`Chr1:10703208`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B25,C80
`Chr1:10703208`	`CG`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B25,C80
`Chr1:10703274`	`GTA`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B104
`Chr1:10703274`	`GTA`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B104
`Chr1:10703275`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	229	A1,A10,A11,A13,A14,A15,A16,A18,A19,A2,A20,A21,A22,A23,A24,A25,A3,A4,A5,A6,A7,A9,B1,B100,B101,B102,B103,B105,B106,B107,B108,B109,B11,B110,B111,B112,B113,B114,B115,B117,B118,B119,B12,B120,B121,B122,B123,B124,B125,B126,B127,B128,B129,B13,B131,B134,B135,B136,B138,B14,B140,B15,B16,B17,B19,B2,B20,B21,B22,B23,B24,B26,B27,B28,B3,B30,B31,B32,B33,B34,B35,B36,B37,B38,B39,B4,B40,B41,B42,B44,B45,B46,B47,B5,B50,B51,B52,B53,B54,B55,B56,B57,B58,B59,B6,B60,B61,B62,B63,B64,B65,B66,B68,B69,B7,B70,B71,B72,B73,B74,B75,B77,B78,B79,B8,B80,B81,B82,B83,B84,B85,B87,B89,B9,B90,B91,B92,B93,B94,B95,B96,B97,B98,C1,C10,C11,C12,C13,C14,C15,C16,C17,C18,C19,C2,C20,C21,C22,C23,C24,C25,C26,C27,C29,C3,C30,C31,C32,C33,C35,C36,C37,C39,C4,C40,C41,C42,C43,C44,C45,C46,C47,C48,C49,C5,C50,C51,C52,C53,C54,C55,C56,C57,C58,C59,C60,C61,C62,C63,C65,C67,C68,C69,C7,C70,C71,C72,C73,C74,C76,C79,C8,C80,C82,C83,C84,C85,C86,C87,C9,D1,D10,D11,D2,D3,D5,D7,D8,D9
`Chr1:10703283`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B53

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057933721.1
GCACTGGAACTGCACGATCGGGCCGACTAAACAAGTCAGACCAAAAGCGCCGTACGTGGTCCAATCATGAAGAGGATGTTCTAATAGCTTCAATGAAAGAGCTTGTTGCACAAGGCTGGAAATCCGACAACGGATTTCGGGGCGGCTATTTGAGCAAGTTGGAAGAGAGCATGAGGAAAGAATTCCCGTCTATCGACTTAAAAGGAATGCCTCACATCAACTCCAAGGTTACAACGTGGAAGAAAACGTACAATTCACTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131006576
ATGAAAGAGCTTGTTGCACAAGGCTGGAAATCCGACAACGGATTTCGGGGCGGCTATTTGAGCAAGTTGGAAGAGAGCATGAGGAAAGAATTCCCGTCTATCGACTTAAAAGGAATGCCTCACATCAACTCCAAGGTTACAACGTGGAAGAAAACGTACAATTCACTATGGAACATCGTCAAAGTCAGTGGAGTTGGCTTCAATGTCAATGGGAAGCATATGATCGATTGTGACGACGAACAGTGGCAGCACTTTGTGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057789704.1
MKELVAQGWKSDNGFRGGYLSKLEESMRKEFPSIDLKGMPHINSKVTTWKKTYNSLWNIVKVSGVGFNVNGKHMIDCDDEQWQHFVAADPKVFNFRFKSWPYLEDWKIIFGKDRATGDEAEDLMEAAHDLYRKIDLDQVNDDGEYHVSLEDILETGEIGDNVSQTQQREESVASEKAAPTSNRKHRRDAQFDDRFFAALTDISWGTEKILDAISSRMGYDFDISKARKEVPAQLSSITGLSMTQKFKICYMLAKETKLLD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器