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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000540

染色体: Chr01 坐标: 11112931-11117794 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000540
名称SmilChr01G000540
描述protein FLC EXPRESSOR-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向11112931 - 11117794 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006587
GeneID131006587
locus_tag-
NCBI NameLOC131006587
原始查询SmilChr01G000540

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein FLC EXPRESSOR-like
产物protein FLC EXPRESSOR-like
ArabidopsisAT3G14750 (AT3G14750)
structural maintenance of chromosomes domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820703]
identity=36.7; qcov=0.908; evalue=3.2e-45; confidence=medium
RiceOs03g0818000
-
identity=42.7; qcov=0.832; evalue=3.37e-41; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006587

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoskeleton 细胞骨架 0.60000 XP_057789731.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057789731.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057789732.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789731.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789731.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:11113117 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:11113155 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B77
Chr1:11113156 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B77,C61
Chr1:11113320 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,B129,D10
Chr1:11113417 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C69
Chr1:11114157 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B122,B13
Chr1:11117395 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 2 B104,D11
Chr1:11117395 GC G 1bp_deletion CDS_variant 2 B104,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933749.1
AAAATGATAAGATGGACAACTCAAAAACAAAAATCGGAAAAGATCAATGAGAATGAGAGACGGAAAATATTAAAAAGGTTGGATGTTTGAGTTGTTGGATTGATCGGTGACGACAGTGAGTCTAATTTTGAGCGGCAGAGAAGAAACAAGTCATCCAATTGTTATCTCAGCATGGCGGGACGAAATCACCAGCGCCACGCCGACGATACGGCCGACCTCCGGCCCCGTCGCCGTCTCACTCCGACCGATGTCCGTCTAAT...
XM_057933750.1
AAAATGATAAGATGGACAACTCAAAAACAAAAATCGGAAAAGATCAATGAGAATGAGAGACGGAAAATATTAAAAAGGTTGGATGTTTGAGTTGTTGGATTGATCGGTGACGACAGTGAGTCTAATTTTGAGCGGCAGAGAAGAAACAAGTCATCCAATTGTTATCTCAGCATGGCGGGACGAAATCACCAGCGCCACGCCGACGATACGGCCGACCTCCGGCCCCGTCGCCGTCTCACTCCGACCGATGTCCGTCTAAT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131006587
ATGGCGGGACGAAATCACCAGCGCCACGCCGACGATACGGCCGACCTCCGGCCCCGTCGCCGTCTCACTCCGACCGATGTCCGTCTAATCGAGGAGCGCATCGCCGCCCGGAGCCGGGAGATCCAAACTCTCCTTCTGGACAATCAGCGGCTTGCTGCCTCCCACGTGGCGCTCAAGCAGGATGTCGTCGCCGCCCAGCAGGACCTCCACCGCCTCTCCGCCACCGCCTCCTCCGTCAAGGCCGAGAGGGATGCTCACGT...
LOC131006587
ATGGCGGGACGAAATCACCAGCGCCACGCCGACGATACGGCCGACCTCCGGCCCCGTCGCCGTCTCACTCCGACCGATGTCCGTCTAATCGAGGAGCGCATCGCCGCCCGGAGCCGGGAGATCCAAACTCTCCTTCTGGACAATCAGCGGCTTGCTGCCTCCCACGTGGCGCTCAAGCAGGATGTCGTCGCCGCCCAGCAGGACCTCCACCGCCTCTCCGCCACCGCCTCCTCCGTCAAGGCCGAGAGGGATGCTCACGT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057789731.1
MAGRNHQRHADDTADLRPRRRLTPTDVRLIEERIAARSREIQTLLLDNQRLAASHVALKQDVVAAQQDLHRLSATASSVKAERDAHVREVYERSVKLEAEARSADGRSAELDRVRAEIKDLRAEREQLSEKLKEIQDDLARSHPEQQEFSDLKTDIEALHREIRKGRAAVEYERKMQSTNSELSEVMEKHLISMAREAEKLRSELANAEKRAMAAIAGAGTAANPGPGYAIHQSFLEPGFGGNSLSDHHAVHQVNTPLLC...
XP_057789732.1
MAGRNHQRHADDTADLRPRRRLTPTDVRLIEERIAARSREIQTLLLDNQRLAASHVALKQDVVAAQQDLHRLSATASSVKAERDAHVREVYERSVKLEAEARSADGRSAELDRVRAEIKDLRAEREQLSEKLKEIQDDLARSHPEQQEFSDLKTDIEALHREIRKGRAAVEYERKMQSTNSELSEVMEKHLISMAREAEKLRSELANAEKRAMAAIAGAGTAANPGPGYAIHQSFLEPGFGGNSLSDHHAVHQVNTPLLC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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