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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000559

染色体: Chr01 坐标: 11644323-11645990 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000559
名称SmilChr01G000559
描述uncharacterized SmilChr01G000559
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向11644323 - 11645990 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006603
GeneID131006603
locus_tag-
NCBI NameLOC131006603
原始查询SmilChr01G000559

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006603

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057789743.1
2 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057789743.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057789743.1
4 Secreted 分泌到胞外 0.20000 XP_057789743.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789743.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:11644602 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B140,C24,D10
Chr1:11644655 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C43,C67
Chr1:11644661 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B127,B6,B80
Chr1:11644665 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 13 A5,B132,B31,B42,B43,B78,B99,C19,C47,C68,C77,C84,D2
Chr1:11644668 TTC T 2bp_deletion frameshift_variant 2 B124,C56
Chr1:11644668 TTC T 2bp_deletion CDS_variant 2 B124,C56
Chr1:11644687 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B124,C56
Chr1:11644695 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B13,B53
Chr1:11644702 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C22
Chr1:11644704 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74
Chr1:11644728 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 9 A3,B126,B7,C1,C28,C41,C44,C61,C80
Chr1:11644749 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C73

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933760.1
AACCGGGTCAACTGACCCGATATTAAAAAAAAAATCGTGGAACCCTAACCCAGCTTCTCTCTCGCGTTTCTCTCCCATCTTCTCTCTCCTTCTTTTCCTCAGGCTCCAGCCACCAATGTCGCTCCTAGCTCCGGTCGTGGGTCGCCGCGCGCCACTCTACCCTCCAGCTTTGGAGCCGCGCCCCCTCCAACTGTCGCCGCCGCACCGCATCAACGGTTGTCAAATTTAAGCGAGAGATGGTGAAGGCGCCGACCTTCACC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006603
ATGTTGAACCTCTGTTCATGGGGAATTGCTAGTTCATGGAGCTGGTGGCGGGCTGGACCTTCTGGGCGAAGGGCCGGTGGAGATAGGGCTGCGGCTGGGTGGCGTCCAAGGCGCTGGATCTCGAGCCGAAGAAATCGAGCCTGCTCCTCGGGAAAGAGGGGCTTGATAGGCGGTGCGAGGATTATGTGTGCAGATTGCGGAAGCTCTGAGAATGCAGATGGAGGTGCAGAGGAAGCTGGAGCAGAAAATGGAGGTGCAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789743.1
MLNLCSWGIASSWSWWRAGPSGRRAGGDRAAAGWRPRRWISSRRNRACSSGKRGLIGGARIMCADCGSSENADGGAEEAGAENGGAETFAAENRSSRKVPAVGAQQGQGDSTSPAPLRLGPQLSQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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