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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000562

染色体: Chr01 坐标: 11666755-11667102 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000562
名称SmilChr01G000562
描述uncharacterized SmilChr01G000562
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向11666755 - 11667102 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020247
GeneID131020247
locus_tag-
NCBI NameLOC131020247
原始查询SmilChr01G000562

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020247

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057804970.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057804970.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804970.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057804970.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057804970.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:11666777 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B134,C25
Chr1:11666798 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A11,A19,C47
Chr1:11666803 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C55
Chr1:11666823 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C42
Chr1:11666836 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,C55
Chr1:11666837 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A5
Chr1:11666890 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 13 A10,A14,A16,B121,B45,B50,B57,B6,B79,B85,C10,C7,C73
Chr1:11666902 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A21,A9,B104,B119,B123
Chr1:11666938 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B33,B68,C40,C48
Chr1:11666959 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C54
Chr1:11666964 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 7 B24,B31,B60,B78,B79,C67,C72
Chr1:11666992 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 2 C55,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948987.1
ATGGAGGAGTTAGAGGAGCTACGTAATGAGGCGTATGAGAATGCAAGGATTTATAAGGACAAAGTGAAGCGACTCCATGACAGCCGTATCTGCCATAAGAAGCTTTGCCCTGGGATGAAGGTACTTTTGTTCAATTCTCGATTGAAGTTGTTCCCGGGTAAGCTGAAATCTCGATGGAGTGGTCCGTTTTTACTTACGGAGGTGTTTGAGCATGGTGCTGTTGAGCTATTCAATGAAAACACGAAGGAGAGTTTCAGAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020247
ATGGAGGAGTTAGAGGAGCTACGTAATGAGGCGTATGAGAATGCAAGGATTTATAAGGACAAAGTGAAGCGACTCCATGACAGCCGTATCTGCCATAAGAAGCTTTGCCCTGGGATGAAGGTACTTTTGTTCAATTCTCGATTGAAGTTGTTCCCGGGTAAGCTGAAATCTCGATGGAGTGGTCCGTTTTTACTTACGGAGGTGTTTGAGCATGGTGCTGTTGAGCTATTCAATGAAAACACGAAGGAGAGTTTCAGAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057804970.1
MEELEELRNEAYENARIYKDKVKRLHDSRICHKKLCPGMKVLLFNSRLKLFPGKLKSRWSGPFLLTEVFEHGAVELFNENTKESFRVNGHRVKPYYEHQSSTMVVESHTLHDPLY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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