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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000564

染色体: Chr01 坐标: 11677945-11678631 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000564
名称SmilChr01G000564
描述uncharacterized SmilChr01G000564
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向11677945 - 11678631 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020321
GeneID131020321
locus_tag-
NCBI NameLOC131020321
原始查询SmilChr01G000564

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020321

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057805081.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057805081.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805081.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057805081.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057805081.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:11677966 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:11677969 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C27,C41,C71
Chr1:11677985 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C27,C41,C71
Chr1:11678002 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35
Chr1:11678003 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C68
Chr1:11678010 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 6 A16,B29,B47,C27,C41,C71
Chr1:11678020 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B25,C9
Chr1:11678021 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A16,B29
Chr1:11678022 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A15,B126,B42,B84,C72
Chr1:11678023 C CG 1bp_insertion frameshift_variant 20 A4,B112,B17,B22,B26,B4,B41,B58,B64,B71,B78,B84,C29,C35,C59,C73,C82,C87,D5,D8
Chr1:11678025 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 12 A11,A15,B101,B37,B42,B72,B90,C10,C26,C27,C72,C9
Chr1:11678027 GGC G 2bp_deletion frameshift_variant 12 A11,A15,B101,B37,B42,B72,B90,C10,C26,C27,C72,C9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949098.1
ATGACGGACTCTCATCGGATTGAAAAAGGAGGCAAGAATGGGCTGCTGGACATTTCAGCCAAAAATCTGAAGGGGGTCCACGGCGGCCGCCGTCACCCCCACTTCAGCCAAAAACCCGAAGGGGGTCCACGGCGGCCGCCATCACCCCCACTTCAACCAAAAACCCGAAGGGGGTCCACGGCGGCCGCCGTCACCCCTACTTCAGCCAAAAACCCGAAGGGGGTCCACGGCGGCGCCATCCCACGGCGGCCGCCGTCACC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020321
ATGACGGACTCTCATCGGATTGAAAAAGGAGGCAAGAATGGGCTGCTGGACATTTCAGCCAAAAATCTGAAGGGGGTCCACGGCGGCCGCCGTCACCCCCACTTCAGCCAAAAACCCGAAGGGGGTCCACGGCGGCCGCCATCACCCCCACTTCAACCAAAAACCCGAAGGGGGTCCACGGCGGCCGCCGTCACCCCTACTTCAGCCAAAAACCCGAAGGGGGTCCACGGCGGCGCCATCCCACGGCGGCCGCCGTCACC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057805081.1
MTDSHRIEKGGKNGLLDISAKNLKGVHGGRRHPHFSQKPEGGPRRPPSPPLQPKTRRGSTAAAVTPTSAKNPKGVHGGAIPRRPPSPPAQPKPARPPSPARPLPLNTQTLIPTSHPPPTRLPQLSPSHSSPSHHHHHHHSPSPPPLSITPAAAHPTTVHRRRCYHHHHHPPSAPPLSIHHHHSPSPIACTAAALHSRRPAQPPPPSAQPPPSAAAAVSTATAVCSRRR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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