Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G000576`

染色体: Chr01 坐标: 11987298-11989109 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G000576`
名称	SmilChr01G000576
描述	uncharacterized SmilChr01G000576
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	11987298 - 11989109 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131020678`
GeneID	`131020678`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131020678`
原始查询	`SmilChr01G000576`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	aspartyl protease gag-polyprotein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28717693]; symbol=AT2G06105; hit=AT2G06105; species=arabidopsis; confidence=weak
产物	aspartyl protease gag-polyprotein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28717693]; symbol=AT2G06105; hit=AT2G06105; species=arabidopsis; confidence=weak
Arabidopsis	`AT2G06105` (AT2G06105) aspartyl protease gag-polyprotein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28717693] identity=37.7; qcov=0.114; evalue=1.22e-06; confidence=weak
Rice	`Os12g0292200` - identity=30.9; qcov=0.156; evalue=1.89e-06; confidence=weak
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131020678

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057805678.1`
2	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057805678.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057805678.1`
4	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.20000	`XP_057805678.1`
5	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	0.20000	`XP_057805678.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:11987301`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B131
`Chr1:11987307`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B58
`Chr1:11987328`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	C68
`Chr1:11987328`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C68
`Chr1:11987337`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B139,B89,B98,C13,D4
`Chr1:11987353`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A23,B137,C17,C31,C58
`Chr1:11987355`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B114,C35,C44,C53,C81
`Chr1:11987364`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C65,D10
`Chr1:11987391`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	21	A25,B122,B13,B29,B35,B55,B6,B69,B73,B75,B80,B9,B95,C27,C39,C5,C56,C67,C83,C9,D8
`Chr1:11987407`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C42
`Chr1:11987417`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A5,B120,B19,B54,D9
`Chr1:11987424`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A5,B104,B105,B2,C64

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057949695.1
ATGCCCGGAGAGGACCCTCAAAGACATCTTCAAGACTTTGAGATGGCATGTGGAACGGTGCGCACCGCAAGCCAAACACTTGGTGAATACATCCGACTCCTTACTTTTCCGTTCTCTTTGTTAGAGGGAGCGAGGGAGTGGTTGTATGATTTACCCGAAGGAAGCATTCGAACCTGGCAGGAGCTACAGAGCAAGTTTTTGGAGCGATACTCTCCAGCTGCCCGGATCCAAAATCTGAGGATTCAAATAAGCAATATAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131020678
ATGCCCGGAGAGGACCCTCAAAGACATCTTCAAGACTTTGAGATGGCATGTGGAACGGTGCGCACCGCAAGCCAAACACTTGGTGAATACATCCGACTCCTTACTTTTCCGTTCTCTTTGTTAGAGGGAGCGAGGGAGTGGTTGTATGATTTACCCGAAGGAAGCATTCGAACCTGGCAGGAGCTACAGAGCAAGTTTTTGGAGCGATACTCTCCAGCTGCCCGGATCCAAAATCTGAGGATTCAAATAAGCAATATAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057805678.1
MPGEDPQRHLQDFEMACGTVRTASQTLGEYIRLLTFPFSLLEGAREWLYDLPEGSIRTWQELQSKFLERYSPAARIQNLRIQISNIKMGSAEVLYEYWGRFKQMLAKCPQHQIPDHDLIRYFVGGLRRQDRQWLHAACGGSILNKSAAEVFKLIADMAEESRDEEGTIVRNPLTPATSAQDEKLDKLCNMFEKFMTNQGATNQGNPNIRKPVKACQLCMATSHATDECPQLFEDEELNAIVQQPGRNNGGQNQKPFEPYR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器