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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G000588`

染色体: Chr01 坐标: 12743529-12746523 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G000588`
名称	SmilChr01G000588
描述	uncharacterized SmilChr01G000588
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	12743529 - 12746523 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021492`
GeneID	`131021492`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021492`
原始查询	`SmilChr01G000588`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os12g0142900; species=rice; confidence=weak
产物	hit=Os12g0142900; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis	`ATMG00860` - identity=39.2; qcov=0.185; evalue=1.09e-27; confidence=weak
Rice	`Os12g0142900` - identity=45.2; qcov=0.21; evalue=6.59e-47; confidence=weak
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF00078 (RVT_1); PF00098 (zf-CCHC); PF03732 (PEG10_N-capsid); PF08284 (RVP_2); PF13650 (Asp_protease_2); PF13975 (gag-asp_proteas); PF17919 (RT_RNaseH_2); PF19259 (Ty3_capsid); PF30863 (PRO_PEG10-RTL1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021492

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057806722.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057806722.1`
3	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057806722.1`
4	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057806722.1`
5	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.20000	`XP_057806722.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:12743562`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A7,B67,B68,C60
`Chr1:12743574`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B124,B94
`Chr1:12743579`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B15,B83,C60
`Chr1:12743592`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C31,C8,C85
`Chr1:12743610`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B26,C36,C87
`Chr1:12743614`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C31,C8
`Chr1:12743615`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B101,B26
`Chr1:12743621`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B101,C46
`Chr1:12743628`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	6	B111,B28,B34,C31,C8,C85
`Chr1:12743647`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B118,B69,C38,C71
`Chr1:12743649`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B49,B92,C29,C71,D1
`Chr1:12743650`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B131,B77,C18,D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806722.1

801 aa

400

801

Ty3_capsid

PEG10_N-capsid

zf-CCHC

RVP_2

Asp_protease_2

gag-asp_proteas

PRO_PEG10-RTL1

RVT_1

RT_RNaseH_2

PF19259 Ty3_capsid 38-199 aa PF03732 PEG10_N-capsid 39-117 aa PF00098 zf-CCHC 298-314 aa PF08284 RVP_2 373-500 aa PF13650 Asp_protease_2 394-481 aa PF13975 gag-asp_proteas 394-483 aa PF30863 PRO_PEG10-RTL1 403-501 aa PF00078 RVT_1 618-679 aa PF17919 RT_RNaseH_2 742-793 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057806722.1`	Pfam	`PF19259`	Ty3_capsid	Domain	38	199	3.8e-09	37.0	Ty3 transposon capsid-like protein
`XP_057806722.1`	Pfam	`PF03732`	PEG10_N-capsid	Domain	39	117	7.4e-11	43.0	Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain
`XP_057806722.1`	Pfam	`PF00098`	zf-CCHC	Domain	298	314	8.2e-06	26.4	Zinc knuckle
`XP_057806722.1`	Pfam	`PF08284`	RVP_2	Domain	373	500	1e-27	97.3	Retroviral aspartyl protease
`XP_057806722.1`	Pfam	`PF13650`	Asp_protease_2	Domain	394	481	8.2e-10	40.0	Aspartyl protease
`XP_057806722.1`	Pfam	`PF13975`	gag-asp_proteas	Domain	394	483	3.6e-09	37.8	gag-polyprotein putative aspartyl protease
`XP_057806722.1`	Pfam	`PF30863`	PRO_PEG10-RTL1	Domain	403	501	2.3e-11	44.8	PEG10/RTL1 protease domain
`XP_057806722.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	618	679	7.6e-12	46.3	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
`XP_057806722.1`	Pfam	`PF17919`	RT_RNaseH_2	Domain	742	793	1.5e-16	61.0	RNase H-like domain found in reverse transcriptase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057950739.1
ATGCCTCCACGAAGAGTAAATAGAAATATACCCGAGAATGAGGAAGAACCCAGAGAACCTACGCCGCCGCCTCCACCTCAAGATAGGAGAGTGGAAGAACTTTTCTTAAGACAGAACCCACCGACTTTCGCAGGCACGGGAGACCCTGCCGAAACGGAAGAATGGATTCGTGCTATGGAACGAATCTTTCGATTTCTGAGATGCAATGACGCAGAACGTCTTATGTGCGTGTCTTACCAGTTGAAAGGAACCGCCGACTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131021492
ATGCCTCCACGAAGAGTAAATAGAAATATACCCGAGAATGAGGAAGAACCCAGAGAACCTACGCCGCCGCCTCCACCTCAAGATAGGAGAGTGGAAGAACTTTTCTTAAGACAGAACCCACCGACTTTCGCAGGCACGGGAGACCCTGCCGAAACGGAAGAATGGATTCGTGCTATGGAACGAATCTTTCGATTTCTGAGATGCAATGACGCAGAACGTCTTATGTGCGTGTCTTACCAGTTGAAAGGAACCGCCGACTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057806722.1
MPPRRVNRNIPENEEEPREPTPPPPPQDRRVEELFLRQNPPTFAGTGDPAETEEWIRAMERIFRFLRCNDAERLMCVSYQLKGTADYWWEAKQKTMAPEQLDELTWELFKTALCEKFIPRSYRKKKEMEFTTLKQGNRTVVEYDRLFCDLARYAPYRVDTDEKMSELFCAGLRQEIRVVLASQTALSYAEALNRALDMELAMQPEKATHAPTPPSGHYTQASNTPYSNQGQKGKRKWDNHRNDGKKPWQGQNVQPPFVKG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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