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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000590

染色体: Chr01 坐标: 12820889-12823491 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000590
名称SmilChr01G000590
描述cation/H(+) antiporter 24-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向12820889 - 12823491 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006618
GeneID131006618
locus_tag-
NCBI NameLOC131006618
原始查询SmilChr01G000590

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cation/H(+) antiporter 24-like
产物cation/H(+) antiporter 24-like
ArabidopsisAT5G58460 (CHX25)
cation/H+ exchanger 25 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835959]
identity=40.5; qcov=1; evalue=0; confidence=medium
RiceOs05g0485000 (OsCHX16)
-
identity=34.4; qcov=1.03; evalue=2.72e-143; confidence=low
GOGO:0006885 (regulation of pH); GO:0012505 (endomembrane system); GO:0015297 (antiporter activity); GO:0016020 (membrane); GO:1902600 (proton transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF00999 (Na_H_Exchanger); PF23256 (CHX17_2nd); PF23259 (CHX17_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006618

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057789778.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789778.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789778.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789778.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057789778.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:12821115 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 9 A18,B110,B124,B16,B6,B8,B88,C22,C67
Chr1:12821363 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B47,B53,B63
Chr1:12821495 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B130
Chr1:12821633 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B25,C42,C80
Chr1:12821851 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C56
Chr1:12821851 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 C56
Chr1:12821890 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A16,B29
Chr1:12822037 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B129,D10
Chr1:12822041 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr1:12822206 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C64
Chr1:12822245 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B130
Chr1:12822250 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789778.1
787 aa
N
1
394
787
Na_H_Exchanger
CHX17_2nd
CHX17_C
C
PF00999 Na_H_Exchanger 55-439 aa PF23256 CHX17_2nd 500-607 aa PF23259 CHX17_C 623-765 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789778.1 Pfam PF00999 Na_H_Exchanger Domain 55 439 5e-41 141.5 Sodium/hydrogen exchanger, transmembrane
XP_057789778.1 Pfam PF23256 CHX17_2nd Domain 500 607 2.6e-21 76.8 Plant cation/H(+) antiporter domain
XP_057789778.1 Pfam PF23259 CHX17_C Domain 623 765 8.1e-47 159.7 Plant cation/H(+) antiporter, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933795.1
ATGAAGGCGAGAATGAATGCTAATCCCAATGTAAACATTGTGCATGCATGCATGGCGATGTTCTTGCTTGTTTCACGATTTTAATTAAATGTGAATGGATCAATGACGTCGAGCGTCAACCTGACGGAACCGCCGGAACTGATCAAGAAAGGTCTGGTGACATGCCGGGTGTCCCACACCGATCATCCCTTCGGTGTTTTCTACGGCCAAAATCCCTTGGATTTCTCATTCCCCCTTTTCCTCCTCCAGATTTCCACTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006618
ATGACGTCGAGCGTCAACCTGACGGAACCGCCGGAACTGATCAAGAAAGGTCTGGTGACATGCCGGGTGTCCCACACCGATCATCCCTTCGGTGTTTTCTACGGCCAAAATCCCTTGGATTTCTCATTCCCCCTTTTCCTCCTCCAGATTTCCACTCTCATTCTCATCACCCGTCTCCTCCGTTTCCTCCTCAAGCCCCTCCGCCAGCCCAATGTCATCTCCGAGATCCTCGGCGGTATCATACTGGGGCCGTCGGTGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789778.1
MTSSVNLTEPPELIKKGLVTCRVSHTDHPFGVFYGQNPLDFSFPLFLLQISTLILITRLLRFLLKPLRQPNVISEILGGIILGPSVLSRSNRFRAYIFPPEFKYVIKNVGLVGLIYFVFISAVKMDIMELKRAGKKHWFIAAFGTIMPIWCSVTVGLLQKKSMNVGLANFSAIWGISLNLSMAAFPVVYPIVRELNLLSSGIGRMALTTTMICDLIGVLALVVFEMLIQSQRRPIFSLFYLLSFIAVAATCVGGARHAMA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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