Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G000597`

染色体: Chr01 坐标: 13030919-13035413 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G000597`
名称	SmilChr01G000597
描述	uncharacterized SmilChr01G000597
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	13030919 - 13035413 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022056`
GeneID	`131022056`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022056`
原始查询	`SmilChr01G000597`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0208400; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os08g0208400; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os08g0208400` - identity=36.3; qcov=0.812; evalue=3.55e-172; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF02992 (Transposase_21); PF13960 (DUF4218); PF13963 (Transpos_assoc)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022056

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057807457.1`
2	Chromosome	染色体	0.20000	`XP_057807457.1`
3	Telomere	端粒	0.20000	`XP_057807457.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057807457.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057807457.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变，或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807457.1

1021 aa

510

1021

Transpos_assoc

Transposase_21

DUF4218

PF13963 Transpos_assoc 5-81 aa PF02992 Transposase_21 291-503 aa PF13960 DUF4218 687-800 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057807457.1`	Pfam	`PF13963`	Transpos_assoc	Domain	5	81	2.4e-19	70.0	Transposase-associated domain
`XP_057807457.1`	Pfam	`PF02992`	Transposase_21	Family	291	503	1e-79	267.4	Transposase family tnp2
`XP_057807457.1`	Pfam	`PF13960`	DUF4218	Domain	687	800	1e-42	145.3	Domain of unknown function (DUF4218)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057951474.1
CCAGAACAGATCCCTCCCCCCTCTCGCGCCTCCAGCCCCCCTGCCCCCCCCCCCCCCACCCTGCCCTGCCGCTGCCCTGCCCTCCTGCCGCCGCCTGTCGCCGTCGCCGGTCGCCGCCGTCGCCTCCGTCAAGGCCAATCCTGCCGTCTCACCGCTCCTGCCACCGCACGGTTCCGCCGTCAACTCCTACGAATTTGCAAGAATGAGTGATAATCGATCGTGGATGTACGCGAGATACAATGATCGTGCTGCATTTGAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131022056
ATGAGTGATAATCGATCGTGGATGTACGCGAGATACAATGATCGTGCTGCATTTGAAACGGGACTTGAGAGTTTCCTCGAGTTTGCGATAAATCAAACAGCGTATACAGATGGAATTGGTAACATTAGGTGCCCGTGTAGGAAGTGTAAGAATAAAGTCTTTGCATCTGTACCTACAGTCAGAGAACATGTTACTAGGCGTGGATTTGTCCACAATTACACGAACTGGTGTTATCAAGGGGAAGCACCAGTGTATATGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057807457.1
MSDNRSWMYARYNDRAAFETGLESFLEFAINQTAYTDGIGNIRCPCRKCKNKVFASVPTVREHVTRRGFVHNYTNWCYQGEAPVYMPAEHTIMDEDDGSYSNYQRMVHDHAGPSNYQDPPNLEEPPNPDAQQIYDMLNAADSPLYPDCDTYSQLSWMTQMMSIKVENHMSERCFNQISEMVQKALPKDNNCPDSFYSTKRNLRGLGLPVEKIDCCVNNCMLYWGDDSELESCNFCGASRYKENLRASGSRRKKRVAAKQM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器