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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G000604`

染色体: Chr01 坐标: 13148705-13151699 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G000604`
名称	SmilChr01G000604
描述	uncharacterized SmilChr01G000604
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	13148705 - 13151699 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022138`
GeneID	`131022138`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022138`
原始查询	`SmilChr01G000604`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os12g0142900; species=rice; confidence=weak
产物	hit=Os12g0142900; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis	`ATMG00860` - identity=41.7; qcov=0.157; evalue=2.83e-24; confidence=weak
Rice	`Os12g0142900` - identity=38.4; qcov=0.215; evalue=1.08e-33; confidence=weak
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF00078 (RVT_1); PF00098 (zf-CCHC); PF03732 (PEG10_N-capsid); PF08284 (RVP_2); PF13650 (Asp_protease_2); PF13975 (gag-asp_proteas); PF19259 (Ty3_capsid); PF30863 (PRO_PEG10-RTL1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022138

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057807569.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057807569.1`
3	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057807569.1`
4	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057807569.1`
5	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.20000	`XP_057807569.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:13148724`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B77,C9
`Chr1:13148726`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	43	A23,A3,A5,B1,B101,B102,B121,B129,B136,B137,B17,B20,B22,B25,B32,B45,B48,B49,B50,B53,B54,B65,B68,B80,B98,C22,C26,C30,C31,C32,C33,C36,C43,C6,C60,C61,C68,C76,C78,C80,C87,D4,D5
`Chr1:13148730`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B17,C74
`Chr1:13149081`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A11,B35,B38,B43,B46
`Chr1:13149096`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A23,B42,C57
`Chr1:13149099`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A21,B13,B96,C61
`Chr1:13149104`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A24
`Chr1:13149112`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A13,B113,C34,C77
`Chr1:13149135`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A10,C44,D10
`Chr1:13149138`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A19,B123,B19,B61,C82
`Chr1:13149146`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B49
`Chr1:13149149`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B45,B68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807569.1

762 aa

381

762

Ty3_capsid

PEG10_N-capsid

zf-CCHC

RVP_2

Asp_protease_2

gag-asp_proteas

PRO_PEG10-RTL1

RVT_1

PF19259 Ty3_capsid 38-199 aa PF03732 PEG10_N-capsid 39-117 aa PF00098 zf-CCHC 298-314 aa PF08284 RVP_2 373-500 aa PF13650 Asp_protease_2 394-481 aa PF13975 gag-asp_proteas 394-483 aa PF30863 PRO_PEG10-RTL1 403-501 aa PF00078 RVT_1 623-671 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057807569.1`	Pfam	`PF19259`	Ty3_capsid	Domain	38	199	3.3e-10	40.4	Ty3 transposon capsid-like protein
`XP_057807569.1`	Pfam	`PF03732`	PEG10_N-capsid	Domain	39	117	1e-11	45.7	Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain
`XP_057807569.1`	Pfam	`PF00098`	zf-CCHC	Domain	298	314	7.5e-06	26.5	Zinc knuckle
`XP_057807569.1`	Pfam	`PF08284`	RVP_2	Domain	373	500	5.7e-28	98.1	Retroviral aspartyl protease
`XP_057807569.1`	Pfam	`PF13650`	Asp_protease_2	Domain	394	481	4.8e-10	40.7	Aspartyl protease
`XP_057807569.1`	Pfam	`PF13975`	gag-asp_proteas	Domain	394	483	1.2e-09	39.3	gag-polyprotein putative aspartyl protease
`XP_057807569.1`	Pfam	`PF30863`	PRO_PEG10-RTL1	Domain	403	501	1.9e-11	45.1	PEG10/RTL1 protease domain
`XP_057807569.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	623	671	1.3e-07	32.5	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057951586.1
ATGCCTCCACGAAGAGTGAATAGAAATATACCCGAGAATGAGGAAGAACCCAGAGAACCTACGCCGCCGCCTCCACCTCAAGATAGGAGAGTGGAAGAACTTTTCTTAAGACAGAACCCACCGACTTTCGCAGGCACGGGAGACCCTGCCGAAATGGAAGAATGGATTCATGCTATGGAACGAATCTTTCGATTTTTGAGATGCAACGACGCAGAACGTCTTATGTGCGTGTCTTACCAGTTGAAAGGAACCGCCGACTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131022138
ATGCCTCCACGAAGAGTGAATAGAAATATACCCGAGAATGAGGAAGAACCCAGAGAACCTACGCCGCCGCCTCCACCTCAAGATAGGAGAGTGGAAGAACTTTTCTTAAGACAGAACCCACCGACTTTCGCAGGCACGGGAGACCCTGCCGAAATGGAAGAATGGATTCATGCTATGGAACGAATCTTTCGATTTTTGAGATGCAACGACGCAGAACGTCTTATGTGCGTGTCTTACCAGTTGAAAGGAACCGCCGACTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057807569.1
MPPRRVNRNIPENEEEPREPTPPPPPQDRRVEELFLRQNPPTFAGTGDPAEMEEWIHAMERIFRFLRCNDAERLMCVSYQLKGTADYWWEAKQKTMAPEQLDELTWELFKTALCKKFIPRSYRKKKEMEFTTLKQGNKTVVEYDRLFCDLARYAPYRVDTDEKMSELFCAGLRQEIRVVLASQTALSYAEALNRALDMELAMQPEKATHAPTPPSGHYTQASNTPYSNQGQKGKRKWDNHRNDGKKPWQGQNVQPPFVKG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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