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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000606

染色体: Chr01 坐标: 13445049-13452321 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000606
名称SmilChr01G000606
描述shewanella-like protein phosphatase 1
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向13445049 - 13452321 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006639
GeneID131006639
locus_tag-
NCBI NameLOC131006639
原始查询SmilChr01G000606

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述shewanella-like protein phosphatase 1
产物shewanella-like protein phosphatase 1
ArabidopsisAT1G07010 (SLP1)
Calcineurin-like metallo-phosphoesterase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837211]
identity=67.8; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs10g0394100
-
identity=61.2; qcov=0.664; evalue=1.23e-101; confidence=high
GOGO:0016787 (hydrolase activity)
KEGG-
PfamPF00149 (Metallophos)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006639

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057789788.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 1.00000 XP_057789788.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789788.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789788.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789788.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:13446418 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr1:13451652 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B47,B53,B63
Chr1:13451668 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789788.1
385 aa
N
1
192
385
Metallophos
C
PF00149 Metallophos 57-193 aa
XP_057789789.1
385 aa
N
1
192
385
Metallophos
C
PF00149 Metallophos 57-193 aa
XP_057789790.1
385 aa
N
1
192
385
Metallophos
C
PF00149 Metallophos 57-193 aa
XP_057789791.1
384 aa
N
1
192
384
Metallophos
C
PF00149 Metallophos 57-194 aa
XP_057789792.1
384 aa
N
1
192
384
Metallophos
C
PF00149 Metallophos 57-194 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789788.1 Pfam PF00149 Metallophos Domain 57 193 9.9e-09 36.6 Calcineurin-like phosphoesterase
XP_057789789.1 Pfam PF00149 Metallophos Domain 57 193 9.9e-09 36.6 Calcineurin-like phosphoesterase
XP_057789790.1 Pfam PF00149 Metallophos Domain 57 193 9.9e-09 36.6 Calcineurin-like phosphoesterase
XP_057789791.1 Pfam PF00149 Metallophos Domain 57 194 9.4e-09 36.7 Calcineurin-like phosphoesterase
XP_057789792.1 Pfam PF00149 Metallophos Domain 57 194 9.4e-09 36.7 Calcineurin-like phosphoesterase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933805.1
GATTGGTAGCGTGGCGAAACAAAAGAAATGGAATAATAGATACAATATGCGTGGTGGAGAAAATCTGGAATTGAAACTCAGTGGCAAAACATGTGGACTCTCTTGTTTCCAAGAATCACACCTCACAAACATATCCGCAAACGGAAAATCCTCAAATCTAATGGAGTTTTGAATGGCTTCCGTCCCGCTCGGCTGTTTCTTGCCTCTTCAAACGCGGCGGCGCATACTTTGCTGTGCTTCCACAGCTTCAACCCCGCACA...
XM_057933806.1
GTAGCGTGGCGAAACAAAAGAAATGGAATAATAGATACAATATGCGTGGTGGAGAAAATCTGGAATTGAAACTCAGTGGCAAAACATGTGGACTCTCTTGTTTCCAAGAATCACACCTCACAAACATATCCGCAAACGGAAAATCCTCAAATCTAATGGAGTTTTGAATGGCTTCCGTCCCGCTCGGCTGTTTCTTGCCTCTTCAAACGCGGCGGCGCATACTTTGCTGTGCTTCCACAGCTTCAACCCCGCACAGTCTC...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131006639
ATGGCTTCCGTCCCGCTCGGCTGTTTCTTGCCTCTTCAAACGCGGCGGCGCATACTTTGCTGTGCTTCCACAGCTTCAACCCCGCACAGTCTCAGCCAAACCAGAGGCACCTTAAAACCGATCGTCGTCAATGGTGATCCGCCCACTTTCGTCTCCGCCCCCGGCCGCCGAATAGTCGCGGTCGGGGATTTGCATGGAGATCTTGATAAAGCTAAGTATGCACTTCAGATGGCTGGTGTCTTGAGTTCCGATGATCAAAA...
LOC131006639
ATGGCTTCCGTCCCGCTCGGCTGTTTCTTGCCTCTTCAAACGCGGCGGCGCATACTTTGCTGTGCTTCCACAGCTTCAACCCCGCACAGTCTCAGCCAAACCAGAGGCACCTTAAAACCGATCGTCGTCAATGGTGATCCGCCCACTTTCGTCTCCGCCCCCGGCCGCCGAATAGTCGCGGTCGGGGATTTGCATGGAGATCTTGATAAAGCTAAGTATGCACTTCAGATGGCTGGTGTCTTGAGTTCCGATGATCAAAA...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057789788.1
MASVPLGCFLPLQTRRRILCCASTASTPHSLSQTRGTLKPIVVNGDPPTFVSAPGRRIVAVGDLHGDLDKAKYALQMAGVLSSDDQNLWVGGQTVLVQLGDILDRGGDEIAILSLLKSLDMQAKANGGAVFQVNGNHETMNVEGDFRYVDSGGFDECAAFLEHLEICEHNWEEAFVGWSSVSKRWRKDHKVPKNPWGPWNLVKQQKGVIARSILLRPGGPLAFELAHHAVVLKVNDWVFCHGGLLPHHVEYGIERMNTEV...
XP_057789789.1
MASVPLGCFLPLQTRRRILCCASTASTPHSLSQTRGTLKPIVVNGDPPTFVSAPGRRIVAVGDLHGDLDKAKYALQMAGVLSSDDQNLWVGGQTVLVQLGDILDRGGDEIAILSLLKSLDMQAKANGGAVFQVNGNHETMNVEGDFRYVDSGGFDECAAFLEHLEICEHNWEEAFVGWSSVSKRWRKDHKVPKNPWGPWNLVKQQKGVIARSILLRPGGPLAFELAHHAVVLKVNDWVFCHGGLLPHHVEYGIERMNTEV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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