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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000620

染色体: Chr01 坐标: 13725092-13726006 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000620
名称SmilChr01G000620
描述uncharacterized SmilChr01G000620
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向13725092 - 13726006 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006650
GeneID131006650
locus_tag-
NCBI NameLOC131006650
原始查询SmilChr01G000620

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817573]; symbol=AT2G30230; hit=AT2G30230; species=arabidopsis; confidence=high
产物6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817573]; symbol=AT2G30230; hit=AT2G30230; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G30230 (AT2G30230)
6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817573]
identity=55.4; qcov=1.17; evalue=3.03e-53; confidence=high
RiceOs01g0165600
-
identity=48.5; qcov=1.15; evalue=5.8e-46; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF14009 (PADRE)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006650

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057789801.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789801.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789801.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789801.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057789801.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:13725445 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B130
Chr1:13725601 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789801.1
149 aa
N
1
74
149
PADRE
C
PF14009 PADRE 1-148 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789801.1 Pfam PF14009 PADRE Domain 1 148 1.3e-35 124.2 PADRE domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933818.1
TCACCTCCTATATAAACTCCTTCCCACAATCACATCCAAACTCTAATTACAAATCAAATAAGTCTAGAGAGAGAGATTGATTTAGTTGAATTTAACTAAAGCATCAATATCTCATCCAACTTTTTTCAAAATCAAAGAATGGGAAACAGCCTAAGGTGTTGTTTGGCATGTGTTCTTCCATGCGGGGCGCTAGACTTGATCCGAATAGTACACTTAAACGGGTCAGTGGATGAGATAACGGGTCGGGTCACCGCCGGCGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006650
ATGGGAAACAGCCTAAGGTGTTGTTTGGCATGTGTTCTTCCATGCGGGGCGCTAGACTTGATCCGAATAGTACACTTAAACGGGTCAGTGGATGAGATAACGGGTCGGGTCACCGCCGGCGAGGTCTTAAAGAACAACCCGAATCACGTGCTCACAAAGCCATGCTCCCAAGGCATGGCCCGCCGGATCCTGATCCTCTCGCCCGACTCGGAGCTCAAACGGGGCTCCATTTATTTCCTCATACCGTCTTCTTCCCTGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789801.1
MGNSLRCCLACVLPCGALDLIRIVHLNGSVDEITGRVTAGEVLKNNPNHVLTKPCSQGMARRILILSPDSELKRGSIYFLIPSSSLPADKSKKILKKLSSSKKKSPEILVGESPEIVAPEKKQSSRRHHRSRSNAGVIWRPYLESISED

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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