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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000623

染色体: Chr01 坐标: 13960398-13960724 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000623
名称SmilChr01G000623
描述uncharacterized SmilChr01G000623
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向13960398 - 13960724 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023320
GeneID131023320
locus_tag-
NCBI NameLOC131023320
原始查询SmilChr01G000623

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023320

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.60000 XP_057808866.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057808866.1
3 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.40000 XP_057808866.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057808866.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808866.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:13960435 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A8,B19,B27,C56,C60
Chr1:13960442 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B130
Chr1:13960461 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B25,C42,C80
Chr1:13960475 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 5 A8,B19,B27,C56,C60
Chr1:13960475 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A8,B19,B27,C56,C60
Chr1:13960572 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 65 A11,A2,A5,B103,B105,B106,B114,B131,B134,B136,B139,B15,B20,B24,B25,B28,B31,B38,B39,B44,B57,B58,B6,B62,B68,B71,B76,B79,B8,B80,B81,B91,B94,B95,B97,B98,B99,C10,C11,C12,C13,C15,C20,C21,C28,C30,C31,C43,C51,C53,C54,C6,C65,C69,C7,C72,C73,C74,C8,C85,C86,D11,D2,D3,D9
Chr1:13960613 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B109
Chr1:13960613 TA T 1bp_deletion CDS_variant 1 B109
Chr1:13960635 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B134
Chr1:13960635 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B134
Chr1:13960636 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 10 A18,B110,B124,B134,B16,B6,B8,B88,C22,C67
Chr1:13960653 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B47,B53,B63

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952883.1
ATGGGTCCTGGGTGGTTCCCGCTCTGCAGAGAAGCTGGGGAGGACATTGATCACCTTTTTTGGGAGTGTGCGGTTGCTAGACATGTTTGGAGCTCCCTCTTCTCTTGGTTTAGTTTGGAGGGTTCTTCGATCTTAGATATTGATAGTTTTGTCATCTGGGCGATGAGGATACCTGCTAGCAAGCAGGTGACCAATCTCTGGCGTGTTGGTGCCATGTCTGTTTTTTGGAGTCTTTGGAATCTTCGGAACCAGGTGGTGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023320
ATGGGTCCTGGGTGGTTCCCGCTCTGCAGAGAAGCTGGGGAGGACATTGATCACCTTTTTTGGGAGTGTGCGGTTGCTAGACATGTTTGGAGCTCCCTCTTCTCTTGGTTTAGTTTGGAGGGTTCTTCGATCTTAGATATTGATAGTTTTGTCATCTGGGCGATGAGGATACCTGCTAGCAAGCAGGTGACCAATCTCTGGCGTGTTGGTGCCATGTCTGTTTTTTGGAGTCTTTGGAATCTTCGGAACCAGGTGGTGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808866.1
MGPGWFPLCREAGEDIDHLFWECAVARHVWSSLFSWFSLEGSSILDIDSFVIWAMRIPASKQVTNLWRVGAMSVFWSLWNLRNQVVFKEAPISAVRSKLLSWRRLVSV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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