当前解析结果
SmilChr01G000659| 统一新 Gene ID | SmilChr01G000659 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G000659 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr01G000659 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 14696403 - 14698547 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131006681 |
|---|---|
| GeneID | 131006681 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131006681 |
| 原始查询 | SmilChr01G000659 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | erythroid differentiation factor-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840468]; symbol=AT1G35660; hit=AT1G35660; species=arabidopsis; confidence=medium |
| 产物 | erythroid differentiation factor-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840468]; symbol=AT1G35660; hit=AT1G35660; species=arabidopsis; confidence=medium |
| Arabidopsis | AT1G35660 (AT1G35660)erythroid differentiation factor-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840468] identity=68.9; qcov=1; evalue=6.06e-42; confidence=medium |
| Rice | Os01g0873800- identity=62.1; qcov=1; evalue=1.83e-35; confidence=medium |
| GO | GO:0045893 (positive regulation of DNA-templated transcription) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF23788 (EDRF1_N) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131006681 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.40000 | XP_057789831.1 |
| 2 | Chloroplast | 叶绿体 | 0.40000 | XP_057789831.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057789831.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057789831.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057789831.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:14696965 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B107,B57 |
Chr1:14696971 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B77,C18,C63 |
Chr1:14696972 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A16 |
Chr1:14696978 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C11,C69 |
Chr1:14697597 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C65 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057789831.1PF23788
EDRF1_N 60-101 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057789831.1 |
Pfam | PF23788 |
EDRF1_N | Domain | 60 | 101 | 3.9e-11 | 43.2 | EDRF1 N-terminal |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。