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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000661

染色体: Chr01 坐标: 14734474-14736405 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000661
名称SmilChr01G000661
描述protein NETWORKED 4A-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向14734474 - 14736405 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006671
GeneID131006671
locus_tag-
NCBI NameLOC131006671
原始查询SmilChr01G000661

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein NETWORKED 4A-like
产物protein NETWORKED 4A-like
ArabidopsisAT5G58320 (NET4A)
Kinase interacting (KIP1-like) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835944]
identity=36.1; qcov=1.07; evalue=3.43e-74; confidence=medium
RiceOs01g0168100 (P0028E10.16)
-
identity=32.6; qcov=1.13; evalue=5.83e-49; confidence=low
GOGO:0003779 (actin binding); GO:0005774 (vacuolar membrane)
KEGG-
PfamPF07765 (KIP1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006671

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoskeleton 细胞骨架 0.80000 XP_057789816.1
2 Centrosome 中心体 0.60000 XP_057789816.1
3 Cell projection 细胞突起 0.60000 XP_057789816.1
4 Cilium 纤毛 0.60000 XP_057789816.1
5 Midbody Midbody 0.40000 XP_057789816.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:14734807 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B106,B74,B95,C28
Chr1:14734905 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B66
Chr1:14735103 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B129,C11,C69
Chr1:14735184 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:14735234 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B34
Chr1:14735280 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B50
Chr1:14735292 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B1,B66
Chr1:14735322 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,C48
Chr1:14735538 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B133
Chr1:14735571 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:14736172 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A5
Chr1:14736264 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B71

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789816.1
500 aa
N
1
250
500
KIP1
C
PF07765 KIP1 14-68 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789816.1 Pfam PF07765 KIP1 Family 14 68 1.1e-22 80.6 KIP1-like protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933833.1
ATTCTGAATGAGACATTCCCCTGAAAATATAGTGTTATGTGAATGGAGCTGTGTTGCAAAATTTTGATTTACATAACACTATTCGACGATCTTCATTAATTTAATACCCATAATGACGTCCAGCATGAAACTTACGCCCAGCAGATCGCTCATCCCTGACATGGATCACCACGTGAAGCGCATGCTGAAGCTCATCGAAGAGGATGCAGACACCTTCACCAAAAAAGTCGAAACCTACTACCAGAAGCGCCCCGAGCTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006671
ATGACGTCCAGCATGAAACTTACGCCCAGCAGATCGCTCATCCCTGACATGGATCACCACGTGAAGCGCATGCTGAAGCTCATCGAAGAGGATGCAGACACCTTCACCAAAAAAGTCGAAACCTACTACCAGAAGCGCCCCGAGCTCATCAATCTCGTCGAGGACGTCTACCGGATGTACCGCTCCCTCGCCGAGCGCCACGATCACGTCACCTCCGAGCTGCGCAAGACCATGCCCTCCGATCTCCAGTCGCAGTGCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789816.1
MTSSMKLTPSRSLIPDMDHHVKRMLKLIEEDADTFTKKVETYYQKRPELINLVEDVYRMYRSLAERHDHVTSELRKTMPSDLQSQCSGITDLGSEPPSTMPSPGPSRRQSGHRAPGFDFFLGNHAGIGADVYGKEGDESSTLEFESESDDSSVNYYSSMQSNDDEQALRRKIIEVESELREVKERSAGVENYDRIARYEHQLRIAKDKIQQSDEEIRRLNFELRRYKDADYNLVDQTAAEVQESGNGEVLESECKILTLW...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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