当前解析结果
SmilChr01G000673| 统一新 Gene ID | SmilChr01G000673 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G000673 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr01G000673 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 14871104 - 14872272 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131025358 |
|---|---|
| GeneID | 131025358 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131025358 |
| 原始查询 | SmilChr01G000673 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01107 (MP) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131025358 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 0.80000 | XP_057811109.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057811109.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057811109.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057811109.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057811109.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:14871110 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C32,C68 |
Chr1:14871126 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C35,C49 |
Chr1:14871133 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B125,B2,B42,B43,B92 |
Chr1:14871143 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B98,C25,C81 |
Chr1:14871146 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 85 | A10,A13,A15,A22,A24,A3,A5,A6,A7,A9,B1,B10,B100,B102,B107,B113,B117,B118,B132,B134,B135,B137,B139,B14,B16,B18,B19,B23,B27,B28,B30,B36,B42,B43,B46,B48,B5,B52,B54,B55,B60,B61,B65,B67,B70,B73,B77,B78,B79,B82,B87,B89,B93,C11,C18,C2,C21,C34,C38,C39,C4,C40,C45,C49,C5,C50,C53,C55,C58,C60,C69,C7,C72,C75,C77,C78,C79,C80,C81,C84,C85,D4,D5,D7,D8 |
Chr1:14871157 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A20,B90,B92 |
Chr1:14871165 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 6 | B42,B43,B45,B88,B96,C73 |
Chr1:14871167 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B27,B30,B38,B41,C26 |
Chr1:14871781 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B6,C67 |
Chr1:14871784 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B101,B68,C4,D8 |
Chr1:14871789 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C30,C49 |
Chr1:14871792 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A1,C29 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057811109.1PF01107
MP 72-177 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057811109.1 |
Pfam | PF01107 |
MP | Family | 72 | 177 | 1.7e-16 | 61.1 | Viral movement protein (MP) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。