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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000673

染色体: Chr01 坐标: 14871104-14872272 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000673
名称SmilChr01G000673
描述uncharacterized SmilChr01G000673
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向14871104 - 14872272 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025358
GeneID131025358
locus_tag-
NCBI NameLOC131025358
原始查询SmilChr01G000673

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
PfamPF01107 (MP)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025358

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057811109.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057811109.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811109.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811109.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057811109.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:14871110 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C32,C68
Chr1:14871126 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C35,C49
Chr1:14871133 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B125,B2,B42,B43,B92
Chr1:14871143 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B98,C25,C81
Chr1:14871146 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 85 A10,A13,A15,A22,A24,A3,A5,A6,A7,A9,B1,B10,B100,B102,B107,B113,B117,B118,B132,B134,B135,B137,B139,B14,B16,B18,B19,B23,B27,B28,B30,B36,B42,B43,B46,B48,B5,B52,B54,B55,B60,B61,B65,B67,B70,B73,B77,B78,B79,B82,B87,B89,B93,C11,C18,C2,C21,C34,C38,C39,C4,C40,C45,C49,C5,C50,C53,C55,C58,C60,C69,C7,C72,C75,C77,C78,C79,C80,C81,C84,C85,D4,D5,D7,D8
Chr1:14871157 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A20,B90,B92
Chr1:14871165 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 6 B42,B43,B45,B88,B96,C73
Chr1:14871167 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B27,B30,B38,B41,C26
Chr1:14871781 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B6,C67
Chr1:14871784 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B101,B68,C4,D8
Chr1:14871789 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C30,C49
Chr1:14871792 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A1,C29

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811109.1
204 aa
N
1
102
204
MP
C
PF01107 MP 72-177 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057811109.1 Pfam PF01107 MP Family 72 177 1.7e-16 61.1 Viral movement protein (MP)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955126.1
ATGGATCATCCGGAGACGAGTCAGACTAAGGAGGACGAGGGTATCCACTTCCAAAAGGATGATCAGGATGGATATACCAGCCATTCTTTGATCCCGCAGCACAAGGTAGTGGAAAAACTCGTGGATAAAATCAAGAACAAAATCATGGATATAAAAACGTTCCAAGGGTTTTCAAGAGGAAGATTGGATCAAGTTCTACAAAGCTTGAGTCCATTCAAAAGGAAGCATCATGTCTTCTTCGGCACAACGAGTCGGAAATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025358
ATGGATCATCCGGAGACGAGTCAGACTAAGGAGGACGAGGGTATCCACTTCCAAAAGGATGATCAGGATGGATATACCAGCCATTCTTTGATCCCGCAGCACAAGGTAGTGGAAAAACTCGTGGATAAAATCAAGAACAAAATCATGGATATAAAAACGTTCCAAGGGTTTTCAAGAGGAAGATTGGATCAAGTTCTACAAAGCTTGAGTCCATTCAAAAGGAAGCATCATGTCTTCTTCGGCACAACGAGTCGGAAATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811109.1
MDHPETSQTKEDEGIHFQKDDQDGYTSHSLIPQHKVVEKLVDKIKNKIMDIKTFQGFSRGRLDQVLQSLSPFKRKHHVFFGTTSRKLALPIEMTNNQVEIQLIPAEDVPRDLSKMKLEAAKAMKWIHIGAIQLVIKSSLSPGTDTPIDIVICDKRITNSRDAVLGAFSGNLYAKQIKAIDTSDFWRLEALRSRSRAKSDKKLTS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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