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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G000679`

染色体: Chr01 坐标: 14999105-15003423 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G000679`
名称	SmilChr01G000679
描述	uncharacterized SmilChr01G000679
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	14999105 - 15003423 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131006667`
GeneID	`131006667`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131006667`
原始查询	`SmilChr01G000679`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`ATMG00860` - identity=41.2; qcov=0.091; evalue=8.61e-19; confidence=weak
Rice	`Os04g0191000` - identity=38.3; qcov=0.481; evalue=4.02e-95; confidence=medium
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0015074 (DNA integration)
KEGG	-
Pfam	PF00098 (zf-CCHC); PF00665 (rve); PF03732 (PEG10_N-capsid); PF17917 (RT_RNaseH); PF17919 (RT_RNaseH_2); PF17921 (Integrase_H2C2); PF24626 (SH3_Tf2-1); PF30863 (PRO_PEG10-RTL1); PF30901 (PEG10-RTL1_C-capsid)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131006667

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057789811.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057789811.1`
3	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057789811.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057789811.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057789811.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:14999123`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A4
`Chr1:14999127`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B42
`Chr1:14999159`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B83,C5,C59
`Chr1:14999170`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B72,B94
`Chr1:14999176`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C49,C76
`Chr1:14999234`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B35
`Chr1:14999247`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B35
`Chr1:14999256`	`C`	`CAG`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	A5
`Chr1:14999256`	`C`	`CAG`	2bp_insertion	CDS_variant	1	A5
`Chr1:14999268`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	3	A4,B89,C64
`Chr1:14999268`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A4,B89,C64
`Chr1:14999269`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	A5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789811.1

1064 aa

532

1064

PEG10_N-capsid

PEG10-RTL1_C-capsid

zf-CCHC

PRO_PEG10-RTL1

RT_RNaseH_2

RT_RNaseH

Integrase_H2C2

rve

SH3_Tf2-1

PF03732 PEG10_N-capsid 3-85 aa PF30901 PEG10-RTL1_C-capsid 95-168 aa PF00098 zf-CCHC 225-242 aa PF30863 PRO_PEG10-RTL1 312-390 aa PF17919 RT_RNaseH_2 544-638 aa PF17917 RT_RNaseH 569-668 aa PF17921 Integrase_H2C2 705-762 aa PF00665 rve 782-872 aa PF24626 SH3_Tf2-1 949-1010 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057789811.1`	Pfam	`PF03732`	PEG10_N-capsid	Domain	3	85	2.6e-20	73.2	Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain
`XP_057789811.1`	Pfam	`PF30901`	PEG10-RTL1_C-capsid	Domain	95	168	1.1e-08	35.6	PEG10/RTL1, C-terminal capsid-like domain
`XP_057789811.1`	Pfam	`PF00098`	zf-CCHC	Domain	225	242	9.3e-05	23.1	Zinc knuckle
`XP_057789811.1`	Pfam	`PF30863`	PRO_PEG10-RTL1	Domain	312	390	8.5e-08	33.3	PEG10/RTL1 protease domain
`XP_057789811.1`	Pfam	`PF17919`	RT_RNaseH_2	Domain	544	638	6.8e-32	110.2	RNase H-like domain found in reverse transcriptase
`XP_057789811.1`	Pfam	`PF17917`	RT_RNaseH	Domain	569	668	2.6e-34	118.2	RNase H-like domain found in reverse transcriptase
`XP_057789811.1`	Pfam	`PF17921`	Integrase_H2C2	Domain	705	762	1.6e-17	64.1	Integrase zinc binding domain
`XP_057789811.1`	Pfam	`PF00665`	rve	Domain	782	872	7e-09	36.6	Integrase core domain
`XP_057789811.1`	Pfam	`PF24626`	SH3_Tf2-1	Domain	949	1010	2.6e-20	73.0	Tf2-1-like, SH3 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057933828.1
AACATCAAGATGAACGTTCCTCCCTTCCAAGGGAAGAATGACCCAGAATTGTATCTTGATTGGGAGAGAAAGGTGGAGCTTATGTTCGATTGCCACAACTATTCAGAGCTCAAGAAGGTGAAGTTGGCAGCAATTGAGTTCTCCGATTATGCACTTGTTTGGTGGGATCAGTTGGTGACGAGTAGGAGGAGAAACAGTGAGCCACCTATTCAGACTTGGCAGGAGATGAAGGCTGTGATGAGGAAGCGTTTTGTGCCGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131006667
AACATCAAGATGAACGTTCCTCCCTTCCAAGGGAAGAATGACCCAGAATTGTATCTTGATTGGGAGAGAAAGGTGGAGCTTATGTTCGATTGCCACAACTATTCAGAGCTCAAGAAGGTGAAGTTGGCAGCAATTGAGTTCTCCGATTATGCACTTGTTTGGTGGGATCAGTTGGTGACGAGTAGGAGGAGAAACAGTGAGCCACCTATTCAGACTTGGCAGGAGATGAAGGCTGTGATGAGGAAGCGTTTTGTGCCGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057789811.1
NIKMNVPPFQGKNDPELYLDWERKVELMFDCHNYSELKKVKLAAIEFSDYALVWWDQLVTSRRRNSEPPIQTWQEMKAVMRKRFVPNHYYRELFNKLQTLRQGSRSVDEYYKEMEVATIRANVVEEREATMARFLTGLHWDIRDKVELQHYVELEDMVHMAIKIENQLKRRGNNISNGSSSKGNQWKKEAPPREEKKPFVRSRPEGTGAANQGSPAVSDGRNRDKKCFKCQGFGHIMSDCPNRRIMILRDDGEVVTDDGT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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