Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G000696`

染色体: Chr01 坐标: 15595212-15597503 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G000696`
名称	SmilChr01G000696
描述	uncharacterized protein At5g39865-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	15595212 - 15597503 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131006712`
GeneID	`131006712`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131006712`
原始查询	`SmilChr01G000696`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Glutaredoxin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835966]; symbol=AT5G58530; hit=AT5G58530; species=arabidopsis; confidence=high
产物	Glutaredoxin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835966]; symbol=AT5G58530; hit=AT5G58530; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT5G58530` (AT5G58530) Glutaredoxin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835966] identity=48.5; qcov=1.08; evalue=1.78e-67; confidence=high
Rice	`Os01g0829400` (OsGRL2) - identity=41.4; qcov=0.96; evalue=5.19e-48; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00462 (Glutaredoxin); PF23733 (GRXCR1-2_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131006712

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057789839.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057789839.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057789839.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057789839.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057789839.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:15595732`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B118
`Chr1:15596098`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B124,B94

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789839.1

254 aa

127

254

Glutaredoxin

GRXCR1-2_C

PF00462 Glutaredoxin 107-176 aa PF23733 GRXCR1-2_C 206-248 aa

XP_057789840.1

247 aa

124

247

Glutaredoxin

GRXCR1-2_C

PF00462 Glutaredoxin 107-176 aa PF23733 GRXCR1-2_C 206-246 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057789839.1`	Pfam	`PF00462`	Glutaredoxin	Domain	107	176	2.8e-10	41.0	Glutaredoxin
`XP_057789839.1`	Pfam	`PF23733`	GRXCR1-2_C	Domain	206	248	1.5e-16	60.7	GRXCR1/2, C-terminal domain
`XP_057789840.1`	Pfam	`PF00462`	Glutaredoxin	Domain	107	176	2.6e-10	41.1	Glutaredoxin
`XP_057789840.1`	Pfam	`PF23733`	GRXCR1-2_C	Domain	206	246	1.9e-15	57.2	GRXCR1/2, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057933856.1
AATCCAAATTGCGACACACCCCTCCAACTACCTTAACCAACCCCCCCAAAATTCTCTTCGAATTCCCAAATTTCCCTTCACGAATTAAAACCCCTCTAGAAATTGTGAAGAAATCGCCAAGAAAAATAAAAATAAAAAAATACTCTGCAAAACCACCCGCCAAACCTAAACCCCCATTTTCTCACTCCCACAAATCTCGATTGCCGAGAAATCTGCATTGCATTCATACGATTAAACAATCAATTTCTGGTCTCAGCAGC...

XM_057933857.1
AATCCAAATTGCGACACACCCCTCCAACTACCTTAACCAACCCCCCCAAAATTCTCTTCGAATTCCCAAATTTCCCTTCACGAATTAAAACCCCTCTAGAAATTGTGAAGAAATCGCCAAGAAAAATAAAAATAAAAAAATACTCTGCAAAACCACCCGCCAAACCTAAACCCCCATTTTCTCACTCCCACAAATCTCGATTGCCGAGAAATCTGCATTGCATTCATACGATTAAACAATCAATTTCTGGTCTCAGCAGC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131006712
ATGTGGCTTGGACGAACCAAATCAAGGGTTCGGTTCCACGACGCACCGCCGCCGCCGCCCAAATTCGCCTGCTCCTCCTTCAAAGACATCCACATTCTCCTCTCCGACGACGACGGCGGCGGCGGCGGTGATACTCTTGGTTCCCCTAGAAGGCTCTCCATTTGCCACCGCACGCGCAGCAGTGTCAAGTCCCTCATCCGCAGCCTCTCTCACCTCCCGTTCCTCGAAGACGCCGCCGCGGCCGCGGTTGCGGCGGAGGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057789839.1
MWLGRTKSRVRFHDAPPPPPKFACSSFKDIHILLSDDDGGGGGDTLGSPRRLSICHRTRSSVKSLIRSLSHLPFLEDAAAAAVAAEEKKEEELRPEIRIPGAEATIVVYFTSLRVVRSTFEDCKAVRSILRAFRVPIDERDLSMDGRFTEELQGILGLTEKSKLMLPRVFIGGRYIGGAEEVRCLHETGELKKYVERLPRAELGTCDTCGGYGFILCIECDGSRKCYSEKAGFRSCTLCNENGLIRCTAEHEER

XP_057789840.1
MWLGRTKSRVRFHDAPPPPPKFACSSFKDIHILLSDDDGGGGGDTLGSPRRLSICHRTRSSVKSLIRSLSHLPFLEDAAAAAVAAEEKKEEELRPEIRIPGAEATIVVYFTSLRVVRSTFEDCKAVRSILRAFRVPIDERDLSMDGRFTEELQGILGLTEKSKLMLPRVFIGGRYIGGAEEVRCLHETGELKKYVERLPRAELGTCDTCGGYGFILCIECDGSRKCYSEKAGFRSCTLCNENGLIRA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器