当前解析结果
SmilChr01G000702| 统一新 Gene ID | SmilChr01G000702 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G000702 |
| 描述 | basic leucine zipper 2 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 15745337 - 15746158 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130985430 |
|---|---|
| GeneID | 130985430 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130985430 |
| 原始查询 | SmilChr01G000702 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | basic leucine zipper 2 |
| 产物 | basic leucine zipper 2 |
| Arabidopsis | AT2G42380 (BZIP34)Basic-leucine zipper (bZIP) transcription factor family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818839] identity=40.2; qcov=0.51; evalue=4.6e-12; confidence=low |
| Rice | Os01g0756200 (OsbZIP06)- identity=38.1; qcov=0.485; evalue=5.55e-12; confidence=low |
| GO | GO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0045893 (positive regulation of DNA-templated transcription) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00170 (bZIP_1); PF07716 (bZIP_2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130985430 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057764431.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057764431.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057764431.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057764431.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057764431.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:15745480 |
C |
CT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 3 | B20,C51,C6 |
Chr1:15745480 |
C |
CT |
1bp_insertion | CDS_variant | 3 | B20,C51,C6 |
Chr1:15746133 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B133 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057764431.1PF07716
bZIP_2 57-106 aa
PF00170
bZIP_1 58-117 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057764431.1 |
Pfam | PF07716 |
bZIP_2 | Coiled-coil | 57 | 106 | 6.3e-05 | 23.7 | Basic region leucine zipper |
XP_057764431.1 |
Pfam | PF00170 |
bZIP_1 | Coiled-coil | 58 | 117 | 2.8e-08 | 34.4 | bZIP transcription factor |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。