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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000716

染色体: Chr01 坐标: 16041034-16043508 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000716
名称SmilChr01G000716
描述peptidyl-prolyl cis-trans isomerase CYP20-1-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向16041034 - 16043508 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006732
GeneID131006732
locus_tag-
NCBI NameLOC131006732
原始查询SmilChr01G000716

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述peptidyl-prolyl cis-trans isomerase CYP20-1-like
产物peptidyl-prolyl cis-trans isomerase CYP20-1-like
ArabidopsisAT5G58710 (ROC7)
rotamase CYP 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835985]
identity=87.5; qcov=0.902; evalue=4.24e-120; confidence=high
RiceOs06g0708500 (OsCYP20-1)
-
identity=84.4; qcov=0.975; evalue=3.2e-124; confidence=high
GOGO:0000413 (protein peptidyl-prolyl isomerization); GO:0003755 (peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity); GO:0006457 (protein folding); GO:0043231 (intracellular membrane-bounded organelle)
KEGG-
PfamPF00160 (Pro_isomerase)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006732

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.80000 XP_057789845.1
2 Endoplasmic reticulum lumen 内质网腔 0.60000 XP_057789845.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057789845.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789845.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789845.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:16042082 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789845.1
204 aa
N
1
102
204
Pro_isomerase
C
PF00160 Pro_isomerase 38-198 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789845.1 Pfam PF00160 Pro_isomerase Domain 38 198 7.5e-47 160.2 Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933862.1
ACCGCATACATGCAAGTTTTTGCCTTATGAAAATGAGTAATTGCCGGCAGATACCCGTTTGTCCAGCAGAGTGAAAGATGCTTTATATACCAAAAACCCTTGTCTACACACTCCTAATTCCTAAAAGCTTGATTTTCCCCCAAAATGGCGGCAATTCAGAGATCGCTCCTCCTTTTCACTCTCTTGCTCTTCTTCACCTTATTAGTCCAGGCGAAGAAATCAACGGAAGATTTAAAGGAAGTCACTCACAAGGTCTATTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006732
ATGGCGGCAATTCAGAGATCGCTCCTCCTTTTCACTCTCTTGCTCTTCTTCACCTTATTAGTCCAGGCGAAGAAATCAACGGAAGATTTAAAGGAAGTCACTCACAAGGTCTATTTCGATATCGAGATCGATGGAAAACCTGCTGGGCGTATCACCATGGGTCTTTTTGGGAAAACTGTTCCTAAGACAGCAGAAAACTTTAGAGCCTTGTGCACAGGGGAGAAGGGTATTGGCAAACATGGCAAGCCTCTCCATTATAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789845.1
MAAIQRSLLLFTLLLFFTLLVQAKKSTEDLKEVTHKVYFDIEIDGKPAGRITMGLFGKTVPKTAENFRALCTGEKGIGKHGKPLHYKGSTFHRIIPSFMLQGGDFTLGDGRGGESIYGEKFADENFKIKHTGPGLLSMANAGSDTNGSQFFITTVTTSWLDGRHVVFGKVLSGMDVVYKVEAEGKQNGTPKSKVVVADSGELPL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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