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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000729

染色体: Chr01 坐标: 16225477-16227754 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000729
名称SmilChr01G000729
描述sugar transport protein 8-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向16225477 - 16227754 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006745
GeneID131006745
locus_tag-
NCBI NameLOC131006745
原始查询SmilChr01G000729

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述sugar transport protein 8-like
产物sugar transport protein 8-like
ArabidopsisAT5G26250 (AT5G26250)
Major facilitator superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832694]
identity=60.7; qcov=0.972; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0218400 (OsMST4)
-
identity=58.4; qcov=0.984; evalue=0; confidence=high
GOGO:0015145 (monosaccharide transmembrane transporter activity); GO:0015749 (monosaccharide transmembrane transport); GO:0016020 (membrane)
KEGG-
PfamPF00083 (Sugar_tr); PF07690 (MFS_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006745

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057789852.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789852.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789852.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789852.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057789852.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:16225638 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:16225647 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:16225932 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B114,B44,B58,C51,C74
Chr1:16225986 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B66,B93
Chr1:16226109 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C12,C31
Chr1:16226647 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D9
Chr1:16226734 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B114,B44,B58,C51,C74
Chr1:16226948 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37
Chr1:16227083 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr1:16227182 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B140,C25,C35,C61,C8
Chr1:16227202 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A20,B64,C33
Chr1:16227357 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789852.1
508 aa
N
1
254
508
Sugar_tr
MFS_1
C
PF00083 Sugar_tr 27-484 aa PF07690 MFS_1 59-429 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789852.1 Pfam PF00083 Sugar_tr Family 27 484 2.9e-122 409.5 Sugar (and other) transporter
XP_057789852.1 Pfam PF07690 MFS_1 Family 59 429 8.8e-24 84.8 Major Facilitator Superfamily

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933869.1
GTTAACTCTCACAGCTGCTTACGCGCGCGTGCATATATATAAGCCAGCACATTCTGATAGTTTCATCGTAGATCCGAGATACATACATACATACATTACTCGAAGTCGGTGATTTAGATCCACCATGGCACCCATCATCGAGTCCGCCGGCGATACAGGCCGTGATTTCCCGTCGAAGCTGACCTTGCAGGTGGTCGTTTGTAGCCTCATCGCAGCCGTGGGTGGGTTCATGTTCGGCTACGACATTGGCATATCAGGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006745
ATGGCACCCATCATCGAGTCCGCCGGCGATACAGGCCGTGATTTCCCGTCGAAGCTGACCTTGCAGGTGGTCGTTTGTAGCCTCATCGCAGCCGTGGGTGGGTTCATGTTCGGCTACGACATTGGCATATCAGGAGGCGTGACATCTATGGATGATTTTTTGTTGAAGTTTTTCCATCGTGTTTACGAGAAGAAGCACAGGGCGAGGGAGGACAACTACTGCAAATTCGATGACCAGTTGCTCCAACTGTTCACGTCGTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789852.1
MAPIIESAGDTGRDFPSKLTLQVVVCSLIAAVGGFMFGYDIGISGGVTSMDDFLLKFFHRVYEKKHRAREDNYCKFDDQLLQLFTSSLYLSAVVCCWVASFTCKRYGRKRTMQMAASFFFVGAALNAAAVNLHMLIAGRILLGAGVGFGNQAVPLFISEIAPAKHRGMLNICFQLLITVGILVANLINYWTSGIPGHGWRISLGLAAVPAVVLGLGSILISETPTSLVERGRKEEGLKSLRRIRGVDDVQKEFDEIVEAT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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