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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000733

染色体: Chr01 坐标: 16289859-16292752 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000733
名称SmilChr01G000733
描述uncharacterized SmilChr01G000733
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向16289859 - 16292752 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006749
GeneID131006749
locus_tag-
NCBI NameLOC131006749
原始查询SmilChr01G000733

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述Thioesterase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817508]; symbol=AT2G29590; hit=AT2G29590; species=arabidopsis; confidence=medium
产物Thioesterase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817508]; symbol=AT2G29590; hit=AT2G29590; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT2G29590 (AT2G29590)
Thioesterase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817508]
identity=58.7; qcov=0.733; evalue=1.88e-42; confidence=medium
RiceOs02g0521700
-
identity=44.3; qcov=1.01; evalue=1.72e-34; confidence=medium
GOGO:0047617 (fatty acyl-CoA hydrolase activity)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006749

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057789857.1
2 Peroxisome 过氧化物酶体 0.80000 XP_057789857.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057789857.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789857.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789857.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:16290553 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:16290612 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B24,B68,C85
Chr1:16290617 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B122,C11,C69
Chr1:16292242 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B140,C25,C35,C61,C8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933875.1
AAAATAAGGCTAAAACTTCTTTGAAGTCAAACAGAAGGGAAGATGAAAGAAGGGTAGTTGGGTTGTATTTCAGTGAAACAAATGGTTTAAAGCAAGTGTTGATGCATATTGACATGGAGAAGGCGAGAGAGTTTCTGGAGAAACTGACGTCCGGCGAAGAAGCCGACGAGGTATCGCGACTCACCTTCCCTCCCCACCGGCCCCTCGCTGAGTCCAGCTTCTACGAGTGCTTCGCCGGCAGAGGCGTCCGCCTCGCCCTG...
XM_057933874.1
AAAATAAGGCTAAAACTTCTTTGAAGTCAAACAGAAGGGAAGATGAAAGAAGGGTAGTTGGGTTGTATTTCAGTGAAACAAATGGTTTAAAGCAAGTGTTGATGCATATTGACATGGAGAAGGCGAGAGAGTTTCTGGAGAAACTGACGTCCGGCGAAGAAGCCGACGAGGTATCGCGACTCACCTTCCCTCCCCACCGGCCCCTCGCTGAGTCCAGCTTCTACGAGTGCTTCGCCGGCAGAGGCGTCCGCCTCGCCCTG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131006749
ATGCATATTGACATGGAGAAGGCGAGAGAGTTTCTGGAGAAACTGACGTCCGGCGAAGAAGCCGACGAGGTATCGCGACTCACCTTCCCTCCCCACCGGCCCCTCGCTGAGTCCAGCTTCTACGAGTGCTTCGCCGGCAGAGGCGTCCGCCTCGCCCTGCTCCAGCCGGATTTCATCTCTTGCTCTTTCAAAGTGCCGCCTCGTCTCCTGGATAGAGATGGGAAGCTTGCTATGGGTGCAATCACCACTTTAGTTGATCT...
LOC131006749
ATGCATATTGACATGGAGAAGGCGAGAGAGTTTCTGGAGAAACTGACGTCCGGCGAAGAAGCCGACGAGGTATCGCGACTCACCTTCCCTCCCCACCGGCCCCTCGCTGAGTCCAGCTTCTACGAGTGCTTCGCCGGCAGAGGCGTCCGCCTCGCCCTGCTCCAGCCGGATTTCATCTCTTGCTCTTTCAAAGTGCCGCCTCGTCTCCTGGATAGAGATGGGAAGCTTGCTATGGGTGCAATCACCACTTTAGTTGATCT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057789857.1
MHIDMEKAREFLEKLTSGEEADEVSRLTFPPHRPLAESSFYECFAGRGVRLALLQPDFISCSFKVPPRLLDRDGKLAMGAITTLVDLLGAAVAYQGQGDDSWNLSADMSISNLSTAKLDDELEIFARCLGRQGGYSGTHILIRNKATGEIVAEGRHSLFDAHSKL
XP_057789858.1
MHIDMEKAREFLEKLTSGEEADEVSRLTFPPHRPLAESSFYECFAGRGVRLALLQPDFISCSFKVPPRLLDRDGKLAMGAITTLVDLLGAAVAYQGQGDDSWNLSADMSISNLSTAKLDDELEIFARCLGRQGGYSGTHILIRNKATGEIVAEGRHSLFDAHSKL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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