当前解析结果
SmilChr01G000754| 统一新 Gene ID | SmilChr01G000754 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G000754 |
| 描述 | transcription initiation factor IIA large subunit-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 16616861 - 16623180 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131006765 |
|---|---|
| GeneID | 131006765 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131006765 |
| 原始查询 | SmilChr01G000754 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | transcription initiation factor IIA large subunit-like |
| 产物 | transcription initiation factor IIA large subunit-like |
| Arabidopsis | AT1G07480 (AT1G07480)Transcription factor IIA, alpha/beta subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837262] identity=58.1; qcov=1.02; evalue=3.14e-116; confidence=high |
| Rice | Os05g0292200- identity=48.4; qcov=1.11; evalue=2.04e-91; confidence=high |
| GO | GO:0005672 (transcription factor TFIIA complex); GO:0006366 (transcription by RNA polymerase II); GO:0006367 (transcription initiation at RNA polymerase II promoter) |
| KEGG | smil03022 (Basal transcription factors - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF03153 (TFIIA) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131006765 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057789878.1 |
| 2 | Nucleoplasm | 核质 | 1.00000 | XP_057789878.1 |
| 3 | Nuclear body | 核内小体 | 0.40000 | XP_057789878.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057789878.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057789878.1 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057789878.1PF03153
TFIIA 9-107 aa
PF03153
TFIIA 261-400 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057789878.1 |
Pfam | PF03153 |
TFIIA | Family | 9 | 107 | 1.2e-43 | 151.4 | Transcription factor IIA, alpha/beta subunit |
XP_057789878.1 |
Pfam | PF03153 |
TFIIA | Family | 261 | 400 | 1.2e-43 | 151.4 | Transcription factor IIA, alpha/beta subunit |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。