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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000755

染色体: Chr01 坐标: 16623391-16625864 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000755
名称SmilChr01G000755
描述uncharacterized SmilChr01G000755
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向16623391 - 16625864 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006766
GeneID131006766
locus_tag-
NCBI NameLOC131006766
原始查询SmilChr01G000755

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Thioredoxin superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830531]; symbol=AT5G06430; hit=AT5G06430; species=arabidopsis; confidence=high
产物Thioredoxin superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830531]; symbol=AT5G06430; hit=AT5G06430; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G06430 (AT5G06430)
Thioredoxin superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830531]
identity=60; qcov=0.968; evalue=2.18e-75; confidence=high
RiceOs11g0592900
-
identity=48.7; qcov=1.04; evalue=8.22e-53; confidence=high
GOGO:0045454 (cell redox homeostasis)
KEGG-
PfamPF00085 (Thioredoxin)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006766

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057789879.1
2 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.60000 XP_057789879.1
3 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.20000 XP_057789879.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789879.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789879.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789879.1
186 aa
N
1
93
186
Thioredoxin
C
PF00085 Thioredoxin 76-159 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789879.1 Pfam PF00085 Thioredoxin Domain 76 159 2.4e-09 37.8 Thioredoxin

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XR_009095758.1
CTACGTGGCAATATCTGATAGATTACATTTTCTTTTTCTTTTTCTTTTTCTTTTTCTCATTGAAACGCAGTGAGCGTTGTCGTCGCGACAATCTAATTTCAATTGTAATGCCCTTTGGCGTTCTTGATTCTCCCCTCCGTAAACCCTAAATTCACTCCCTCCCATGAATCCAGCCCCAAAACACCATCTTTTCTGCGTAAAATGGCCGTGGAACAACCCCAGTTTCAACAACAACACTCCTCCCTGCACTCTCGATACTC...
XR_009095759.1
CTACGTGGCAATATCTGATAGATTACATTTTCTTTTTCTTTTTCTTTTTCTTTTTCTCATTGAAACGCAGTGAGCGTTGTCGTCGCGACAATCTAATTTCAATTGTAATGCCCTTTGGCGTTCTTGATTCTCCCCTCCGTAAACCCTAAATTCACTCCCTCCCATGAATCCAGCCCCAAAACACCATCTTTTCTGCGTAAAATGGCCGTGGAACAACCCCAGTTTCAACAACAACACTCCTCCCTGCACTCTCGATACTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006766
ATGAATCCAGCCCCAAAACACCATCTTTTCTGCGTAAAATGGCCGTGGAACAACCCCAGTTTCAACAACAACACTCCTCCCTGCACTCTCGATACTCCTTGGCTTTTCAAGTCTTTCAAGAATTTGGGCGTCGCCGCCTTCAAATTGATCAATTCCGCCGCTAACGCTCCTCTCCGTTTCAACCATCAGGAGACCAGCGGGTCCGAACTAGTGCAAGGAGAGGCGGAGCAAAGGGCATTCGCCGCCGCCCTAGCCACCGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789879.1
MNPAPKHHLFCVKWPWNNPSFNNNTPPCTLDTPWLFKSFKNLGVAAFKLINSAANAPLRFNHQETSGSELVQGEAEQRAFAAALATARDATLLEFYSPKCRLCNSLLPFVTEIENRNSDWLNIVMADAENDIWLPELLHYDIKYVPCFVLVDKHGNALAKTGIPNSRLHVVAGVSHLLKMRRPRKN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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