Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G000757`

染色体: Chr01 坐标: 16632483-16634171 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G000757`
名称	SmilChr01G000757
描述	uncharacterized SmilChr01G000757
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	16632483 - 16634171 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130987060`
GeneID	`130987060`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130987060`
原始查询	`SmilChr01G000757`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`ATMG00750` - identity=34.7; qcov=0.147; evalue=1.06e-06; confidence=weak
Rice	`Os04g0191000` - identity=25.1; qcov=0.56; evalue=1.63e-16; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0015074 (DNA integration)
KEGG	-
Pfam	PF00665 (rve); PF17921 (Integrase_H2C2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130987060

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057766647.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057766647.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057766647.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057766647.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057766647.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:16632496`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B14,C41
`Chr1:16632519`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C41
`Chr1:16632532`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C41
`Chr1:16632969`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	D3
`Chr1:16632969`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D3
`Chr1:16633067`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B63
`Chr1:16633113`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B38,C25,C42,C77
`Chr1:16633283`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B134,B56,B75,D10
`Chr1:16633299`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A23,C28,C33,C46,C56
`Chr1:16633356`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr1:16633362`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B89
`Chr1:16633365`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B17,B55,C68,C85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766647.1

491 aa

246

491

Integrase_H2C2

rve

PF17921 Integrase_H2C2 193-233 aa PF00665 rve 250-347 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057766647.1`	Pfam	`PF17921`	Integrase_H2C2	Domain	193	233	5.8e-09	36.7	Integrase zinc binding domain
`XP_057766647.1`	Pfam	`PF00665`	rve	Domain	250	347	1.6e-19	70.8	Integrase core domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057910664.1
ATGGTGAAGTGGGCTGTGGAATTAGGGGAGTACGACGTGGAGTATGAGCCAAGGATGGCTATTAAGGCGCAGGCCCTTGCGGACTTCATTCAGGAAACTACTCGCCGCCCGGTACAAGAGTTCTGGATAGCTTTTGTGGATGGGTCGGTCACAAAGGAGGGATGCGGAATTGGTGTGTATATTGTTTCTCCAAGCTCGGAGGTATATCAATTCGACATAAAATTCACTTGCAAATTGTCTAACAACGAGGCTGAGTACGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130987060
ATGGTGAAGTGGGCTGTGGAATTAGGGGAGTACGACGTGGAGTATGAGCCAAGGATGGCTATTAAGGCGCAGGCCCTTGCGGACTTCATTCAGGAAACTACTCGCCGCCCGGTACAAGAGTTCTGGATAGCTTTTGTGGATGGGTCGGTCACAAAGGAGGGATGCGGAATTGGTGTGTATATTGTTTCTCCAAGCTCGGAGGTATATCAATTCGACATAAAATTCACTTGCAAATTGTCTAACAACGAGGCTGAGTACGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057766647.1
MVKWAVELGEYDVEYEPRMAIKAQALADFIQETTRRPVQEFWIAFVDGSVTKEGCGIGVYIVSPSSEVYQFDIKFTCKLSNNEAEYETVVRGAHILSELRDECVIIRTDSQLISQEENTKADLLARMASAMEQTWNDEITLLCDTREMGTSQVFSVEIRDDWRAPIIHFLNTGERLSKESNQRARYENYCCCGGHTGFRFLVRKIIRAGFYWPNVNKDVREFVRKCEACQRHAERINVPGETMGVMYAACPFDKWGIDIV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器