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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000760

染色体: Chr01 坐标: 16667246-16673175 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000760
名称SmilChr01G000760
描述uncharacterized SmilChr01G000760
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向16667246 - 16673175 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006770
GeneID131006770
locus_tag-
NCBI NameLOC131006770
原始查询SmilChr01G000760

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
PfamPF29561 (DUF8566)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006770

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057789887.1
2 Chromosome 染色体 0.60000 XP_057789887.1
3 Telomere 端粒 0.40000 XP_057789887.1
4 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057789888.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789889.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:16669121 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A16,B29,C16
Chr1:16669128 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B126,B33
Chr1:16669130 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B12
Chr1:16669131 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B65,D6
Chr1:16669187 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 2 A21,C19
Chr1:16669187 GT G 1bp_deletion CDS_variant 2 A21,C19
Chr1:16669199 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B14,C16
Chr1:16669212 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B121,C35,C4
Chr1:16669338 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 1 B44
Chr1:16669338 A AT 1bp_insertion CDS_variant 1 B44
Chr1:16669360 C CTA 2bp_insertion frameshift_variant 87 A16,A19,A20,A23,A24,A3,A4,A8,B1,B10,B102,B107,B111,B113,B114,B117,B12,B122,B126,B128,B129,B134,B135,B137,B18,B20,B22,B24,B36,B39,B42,B45,B46,B48,B54,B59,B60,B61,B62,B64,B65,B66,B67,B68,B75,B76,B77,B78,B8,B81,B88,B89,B98,B99,C11,C12,C16,C23,C24,C27,C28,C3,C31,C33,C34,C39,C40,C43,C44,C46,C47,C5,C51,C55,C60,C61,C71,C76,C79,C8,C80,C82,C87,D1,D11,D2,D4
Chr1:16669371 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789887.1
447 aa
N
1
224
447
DUF8566
C
PF29561 DUF8566 12-178 aa
XP_057789888.1
324 aa
N
1
162
324
DUF8566
C
PF29561 DUF8566 12-178 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789887.1 Pfam PF29561 DUF8566 Domain 12 178 1.3e-29 104.2 Domain of unknown function (DUF8566)
XP_057789888.1 Pfam PF29561 DUF8566 Domain 12 178 6.3e-30 105.2 Domain of unknown function (DUF8566)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933906.1
CTGCCACTACTTATTTTTAGAATGACAAAGAAGAAACATGTGAAGGGGATAACAACATCTTCTGCCGAAGCTGGTGAGCAGGAAAGTATGAAAAAGAAGAAACCTGTGAAAACGATAAAAACTTCGTCTGCCGAAGCCGGTGAGCAGCAAAGGATGTCGAAAAGGACAACTCGATCATCTGCTGAAACTAGTGAAGCAGAAAGAATAGTGAAGAAGAGAAAAACAAAGAAATCTGATCCAAAAGTTGCTGATGGATAAAG...
XM_057933907.1
CTGCCACTACTTATTTTTAGAATGACAAAGAAGAAACATGTGAAGGGGATAACAACATCTTCTGCCGAAGCTGGTGAGCAGGAAAGTATGAAAAAGAAGAAACCTGTGAAAACGATAAAAACTTCGTCTGCCGAAGCCGGTGAGCAGCAAAGGATGTCGAAAAGGACAACTCGATCATCTGCTGAAACTAGTGAAGCAGAAAGAATAGTGAAGAAGAGAAAAACAAAGAAATCTGATCCAAAAGTTGCTGATGGATAAAG...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131006770
ATGAAAGAGTGGAAGTATGTTGGTTGGAAAAACATAATGTGGTTTATAGAAAAGTTTAATCCTTGTTCTCGTGTCTTAAGTTTTGAAAATGGACACAATTTGGTTCTGACAGCTGCTGATGTAGAAGATTTGTTTTTATTACCTAGACCTAGGGAAGAAGGGTGTGATGTTTTATCCTATGATAGGAATGACACTGTTGGGTTTCAGTTTGTTGAAGAATTCAAGAATAGGTTGGGTTTGGGGGCTGTTCCTACCCACAA...
LOC131006770
ATGAAAGAGTGGAAGTATGTTGGTTGGAAAAACATAATGTGGTTTATAGAAAAGTTTAATCCTTGTTCTCGTGTCTTAAGTTTTGAAAATGGACACAATTTGGTTCTGACAGCTGCTGATGTAGAAGATTTGTTTTTATTACCTAGACCTAGGGAAGAAGGGTGTGATGTTTTATCCTATGATAGGAATGACACTGTTGGGTTTCAGTTTGTTGAAGAATTCAAGAATAGGTTGGGTTTGGGGGCTGTTCCTACCCACAA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057789887.1
MKEWKYVGWKNIMWFIEKFNPCSRVLSFENGHNLVLTAADVEDLFLLPRPREEGCDVLSYDRNDTVGFQFVEEFKNRLGLGAVPTHKSVFRLITNANDVRFNNGGEDFVILFILYALSTCLAPTSNTTLELNLLRTLKDVRDIHKFDWCLFVLKKLCKALESYKRGHYNVLNGCLLILPLLYCHHFKWQGKRLPFTLPLIRHWTSEKFNTRFKEESLGETVFGRGEWVVGVFPISEQNDEEAAAHVGENEQDRECRNRND...
XP_057789888.1
MKEWKYVGWKNIMWFIEKFNPCSRVLSFENGHNLVLTAADVEDLFLLPRPREEGCDVLSYDRNDTVGFQFVEEFKNRLGLGAVPTHKSVFRLITNANDVRFNNGGEDFVILFILYALSTCLAPTSNTTLELNLLRTLKDVRDIHKFDWCLFVLKKLCKALESYKRGHYNVLNGCLLILPLLYCHHFKWQGKRLPFTLPLIRHWTSEKFNTRFKEESLGETVFGRGEWVVGVFPISEQNDEEAAAHVGENEQDRECRNRND...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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