当前解析结果
SmilChr01G000765| 统一新 Gene ID | SmilChr01G000765 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G000765 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr01G000765 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 16785651 - 16789267 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131006771 |
|---|---|
| GeneID | 131006771 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131006771 |
| 原始查询 | SmilChr01G000765 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os01g0850000; species=rice; confidence=weak |
| 产物 | hit=Os01g0850000; species=rice; confidence=weak |
| Arabidopsis | AT5G59050 (AT5G59050)G patch domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836022] identity=50; qcov=0.369; evalue=2.35e-11; confidence=low |
| Rice | Os01g0850000- identity=41.9; qcov=0.297; evalue=3.87e-12; confidence=weak |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF27723 (UCP022260) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131006771 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057789891.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057789892.1 |
| 3 | Cytoplasmic granule | 细胞质颗粒 | 0.20000 | XP_057789891.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057789892.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057789892.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:16786401 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | C32,C68,D11,D4 |
Chr1:16786569 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr1:16786576 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr1:16787876 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A5,B34,B65,D2,D6 |
Chr1:16787879 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B19,B42 |
Chr1:16787963 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057789891.1PF27723
UCP022260 161-244 aa
XP_057789892.1PF27723
UCP022260 161-230 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057789891.1 |
Pfam | PF27723 |
UCP022260 | Family | 161 | 244 | 1.4e-22 | 81.0 | Uncharacterised conserved protein UCP022260 |
XP_057789892.1 |
Pfam | PF27723 |
UCP022260 | Family | 161 | 230 | 2.9e-22 | 80.0 | Uncharacterised conserved protein UCP022260 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。