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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000765

染色体: Chr01 坐标: 16785651-16789267 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000765
名称SmilChr01G000765
描述uncharacterized SmilChr01G000765
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向16785651 - 16789267 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006771
GeneID131006771
locus_tag-
NCBI NameLOC131006771
原始查询SmilChr01G000765

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os01g0850000; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os01g0850000; species=rice; confidence=weak
ArabidopsisAT5G59050 (AT5G59050)
G patch domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836022]
identity=50; qcov=0.369; evalue=2.35e-11; confidence=low
RiceOs01g0850000
-
identity=41.9; qcov=0.297; evalue=3.87e-12; confidence=weak
GO-
KEGG-
PfamPF27723 (UCP022260)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006771

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057789891.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057789892.1
3 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.20000 XP_057789891.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789892.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789892.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:16786401 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C32,C68,D11,D4
Chr1:16786569 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:16786576 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:16787876 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A5,B34,B65,D2,D6
Chr1:16787879 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B19,B42
Chr1:16787963 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789891.1
279 aa
N
1
140
279
UCP022260
C
PF27723 UCP022260 161-244 aa
XP_057789892.1
249 aa
N
1
124
249
UCP022260
C
PF27723 UCP022260 161-230 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789891.1 Pfam PF27723 UCP022260 Family 161 244 1.4e-22 81.0 Uncharacterised conserved protein UCP022260
XP_057789892.1 Pfam PF27723 UCP022260 Family 161 230 2.9e-22 80.0 Uncharacterised conserved protein UCP022260

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933909.1
ATTCAGCCTCCAACAAATGGCAGTTGGGTTGGACCAAATATACACACGTCCAACCACTAAACCCAACAACAAAAACAAACCCACCTCCTATATATTATATATACAAACACACAATATCATACAAACAAACGTATACAATTTATCTTCTCTATATATATTCATATGGTTCTGTACCAATAAAATCTACCACTATTATGTATAGAACGTGACATCGTTACTCCCACTCCGTCCAACTCGTCTTCTTCTTTAATTCTTTCCTC...
XM_057933908.1
GGACCAAATATACACACGTCCAACCACTAAACCCAACAACAAAAACAAACCCACCTCCTATATATTATATATACAAACACACAATATCATACAAACAAACGTATACAATTTATCTTCTCTATATATATTCATATGGTTCTGTACCAATAAAATCTACCACTATTATGTATAGAACGTGACATCGTTACTCCCACTCCGTCCAACTCGTCTTCTTCTTTAATTCTTTCCTCTTTATATTAATTTTTCTTCTTACTCCAACA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131006771
ATGGGTTTCGATTTTGAAGAGAGGAAAAGTTTGCTGTATGCCGATTTATTCAAGATAGAGGAGAATCGTGAAAATAGTAGCTCGATCATGCCGCAGTGGAGGAGCCCGAGTTCGTCGTCGGCTTGTGACTCGTCGTCGTCCGGTTTCACCACGCCTTTCGGCTCCGAGTTGGGCTCGTCGGAGAGCGACGACGCCGATTTCGCTGCCGAGTTGAGTCGTCAAATGGCCGAGTGCATGCTTCACGAAGAAGACGAGGAAGA...
LOC131006771
ATGGGTTTCGATTTTGAAGAGAGGAAAAGTTTGCTGTATGCCGATTTATTCAAGATAGAGGAGAATCGTGAAAATAGTAGCTCGATCATGCCGCAGTGGAGGAGCCCGAGTTCGTCGTCGGCTTGTGACTCGTCGTCGTCCGGTTTCACCACGCCTTTCGGCTCCGAGTTGGGCTCGTCGGAGAGCGACGACGCCGATTTCGCTGCCGAGTTGAGTCGTCAAATGGCCGAGTGCATGCTTCACGAAGAAGACGAGGAAGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057789891.1
MGFDFEERKSLLYADLFKIEENRENSSSIMPQWRSPSSSSACDSSSSGFTTPFGSELGSSESDDADFAAELSRQMAECMLHEEDEEEPNSVSHYGLNPNRPVLDHANRTPCVKLNNHSAVGDRVGVSRGRRVKGDELTQQMQTRKAERNYGRYRDAGRKRHTGSGMQAIFLGGPGSRNGSSGTGVFLPRVTNNPVEQKKKSGLSTVLIPTRVLEALELHFTRLSDSATPPLTTATSLCHASLRDEGMRSKGQGNIHTKFE...
XP_057789892.1
MGFDFEERKSLLYADLFKIEENRENSSSIMPQWRSPSSSSACDSSSSGFTTPFGSELGSSESDDADFAAELSRQMAECMLHEEDEEEPNSVSHYGLNPNRPVLDHANRTPCVKLNNHSAVGDRVGVSRGRRVKGDELTQQMQTRKAERNYGRYRDAGRKRHTGSGMQAIFLGGPGSRNGSSGTGVFLPRVTNNPVEQKKKSGLSTVLIPTRVLEALELHFTRLSDSATPPLTTATSLCHASLRVLQMKE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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