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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000768

染色体: Chr01 坐标: 16812885-16820170 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000768
名称SmilChr01G000768
描述uncharacterized SmilChr01G000768
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向16812885 - 16820170 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987987
GeneID130987987
locus_tag-
NCBI NameLOC130987987
原始查询SmilChr01G000768

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os05g0499500; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os05g0499500; species=rice; confidence=weak
ArabidopsisAT1G05270 (AT1G05270)
TraB family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837027]
identity=44.8; qcov=0.294; evalue=4.59e-11; confidence=weak
RiceOs05g0499500
-
identity=58; qcov=0.219; evalue=1.13e-12; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987987

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057767729.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057767729.1
3 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057767729.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057767729.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767729.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:16812887 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B56,B96
Chr1:16812897 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:16812923 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A7,C36
Chr1:16812947 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B30,C1
Chr1:16812950 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A24,B107,B15,B88,C13
Chr1:16812959 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 28 A13,A15,A20,B10,B100,B111,B113,B119,B121,B139,B140,B17,B21,B38,B39,B65,B71,B91,C32,C38,C60,C62,C68,C7,C74,C80,C81,D6
Chr1:16812966 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 33 A10,A18,A21,B106,B118,B131,B133,B2,B20,B24,B25,B34,B35,B40,B71,B75,B91,B95,B97,C15,C25,C28,C48,C49,C51,C6,C64,C66,C72,C78,C8,D10,D3
Chr1:16812973 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A9,C19,C53,C74
Chr1:16812984 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 18 A11,A23,B122,B126,B130,B15,B20,B48,C14,C16,C33,C46,C50,C67,C74,C75,C79,D8
Chr1:16813007 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B112,C1
Chr1:16813012 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 8 A2,B113,B115,B122,B124,B7,C54,C56
Chr1:16813032 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B112,B86,C1,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911746.1
ATGAATCAGGGGGAGTTCACATCCGAAGGAGGGGCAGAGGTCTATGCTGCTCAGAGCTATCCGGAGAGGCCTCAATCTGAACAGAGGCCCATGTTTAATCAGGGGCAACAGAGCTCCAACTCGGGTTGGAGAAATCAGCAGAACTCGGGATGGAGGAACCAAGCCCCTGGCCAAGGGTCGGGATCAAACCAAGGTCACATGCAAGGACATGGGCAGAGTTCTCAATTTTGTCAAGAGCCGCCGCTGTCGCGGCCGCCTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987987
ATGAATCAGGGGGAGTTCACATCCGAAGGAGGGGCAGAGGTCTATGCTGCTCAGAGCTATCCGGAGAGGCCTCAATCTGAACAGAGGCCCATGTTTAATCAGGGGCAACAGAGCTCCAACTCGGGTTGGAGAAATCAGCAGAACTCGGGATGGAGGAACCAAGCCCCTGGCCAAGGGTCGGGATCAAACCAAGGTCACATGCAAGGACATGGGCAGAGTTCTCAATTTTGTCAAGAGCCGCCGCTGTCGCGGCCGCCTTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767729.1
MNQGEFTSEGGAEVYAAQSYPERPQSEQRPMFNQGQQSSNSGWRNQQNSGWRNQAPGQGSGSNQGHMQGHGQSSQFCQEPPLSRPPSTIATTKESCQEVQAVIEFLKPQVVFLELCSSRVAILTPQNLKRKALDDKLKEKEEREAFQVNIGDFGLAVMKCVMLDLKLQGIRAGGNSDFSDEMGKELSQMSVAAGLRFLNRAALKSLEEFGIEGSMKSPWKRCCYSCPW

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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