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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000769

染色体: Chr01 坐标: 16822923-16823270 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000769
名称SmilChr01G000769
描述uncharacterized SmilChr01G000769
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向16822923 - 16823270 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988061
GeneID130988061
locus_tag-
NCBI NameLOC130988061
原始查询SmilChr01G000769

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988061

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057767834.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057767834.1
3 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057767834.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057767834.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057767834.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:16822929 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B19,B27
Chr1:16822953 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B138,B55
Chr1:16822968 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 29 A10,A4,B105,B113,B122,B123,B128,B138,B26,B41,B42,B43,B47,B49,B61,B62,B72,B85,B90,B92,C16,C29,C38,C56,C61,C62,C63,C65,C67
Chr1:16823036 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A19,A2,B31,B33
Chr1:16823093 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C86
Chr1:16823098 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 11 B108,B122,B13,B26,B4,B41,B98,C23,C36,C48,C87
Chr1:16823103 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:16823160 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,B50,C48,C61
Chr1:16823211 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A2,B80,C53
Chr1:16823244 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 28 A23,B109,B119,B120,B127,B132,B19,B22,B27,B42,B43,B6,B67,B69,B71,B86,C13,C16,C26,C30,C41,C44,C51,C57,C64,C66,C70,C77
Chr1:16823252 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr1:16823260 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B74,B95,B99,C58

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911851.1
ATGGAAGAACTTGATGAGTTGCGTAATGAGGCATATGAGAATGCACGAATCTACAAGGATAAAGTGAAAAAAATGCATGATCGTCGCGTTGTGCAAAAGGACTTCCACCCGGGCATGAAAGTGTTATTGTTCAACTCAAGGCTGAAACTCTTTCCGGAAAAACTCAAGTCCCGTTGGATTGGTCCCTTCATCATCAAAGAAGTATTTAACCATGGAGTCTTGGTGTTGACCAAGGAAGGCACCGATGAGCATTTTACAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988061
ATGGAAGAACTTGATGAGTTGCGTAATGAGGCATATGAGAATGCACGAATCTACAAGGATAAAGTGAAAAAAATGCATGATCGTCGCGTTGTGCAAAAGGACTTCCACCCGGGCATGAAAGTGTTATTGTTCAACTCAAGGCTGAAACTCTTTCCGGAAAAACTCAAGTCCCGTTGGATTGGTCCCTTCATCATCAAAGAAGTATTTAACCATGGAGTCTTGGTGTTGACCAAGGAAGGCACCGATGAGCATTTTACAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767834.1
MEELDELRNEAYENARIYKDKVKKMHDRRVVQKDFHPGMKVLLFNSRLKLFPEKLKSRWIGPFIIKEVFNHGVLVLTKEGTDEHFTVNGHRVRPYLEHGVASVVVESQALHDPTF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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