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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000773

染色体: Chr01 坐标: 16857237-16857923 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000773
名称SmilChr01G000773
描述uncharacterized SmilChr01G000773
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向16857237 - 16857923 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006777
GeneID131006777
locus_tag-
NCBI NameLOC131006777
原始查询SmilChr01G000773

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述basic leucine-zipper 58 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837921]; symbol=bZIP58; hit=AT1G13600; species=arabidopsis; confidence=low
产物basic leucine-zipper 58 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837921]; symbol=bZIP58; hit=AT1G13600; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT1G13600 (bZIP58)
basic leucine-zipper 58 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837921]
identity=53.2; qcov=0.403; evalue=3.09e-09; confidence=low
RiceOs02g0132500 (OsbZIP14)
-
identity=55.8; qcov=0.279; evalue=1.17e-08; confidence=weak
GOGO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
PfamPF00170 (bZIP_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006777

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057789894.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789894.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789894.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057789894.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057789894.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:16857325 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B127,B29,B54
Chr1:16857331 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 48 A1,A11,A18,A21,A22,A23,A25,A8,B1,B109,B111,B114,B117,B122,B131,B134,B26,B28,B33,B53,B67,B75,B76,B92,B94,B99,C10,C18,C27,C35,C39,C4,C43,C49,C55,C56,C59,C6,C63,C71,C75,C77,C79,C84,C87,D3,D6,D9
Chr1:16857333 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B74,D10
Chr1:16857372 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B119,B48,B71,C53
Chr1:16857458 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 12 B123,B136,B34,B54,B64,B90,B92,B97,C20,C28,C7,C76
Chr1:16857469 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr1:16857471 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C38
Chr1:16857471 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C38
Chr1:16857472 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C38
Chr1:16857472 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C38
Chr1:16857478 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B60
Chr1:16857503 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789894.1
154 aa
N
1
77
154
bZIP_1
C
PF00170 bZIP_1 83-114 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789894.1 Pfam PF00170 bZIP_1 Coiled-coil 83 114 8.5e-08 32.9 bZIP transcription factor

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933911.1
CGGAGGTCACGTGACGATTCTCATCGAACTTCTTCCGCACCTCGGCGGCGGACTGCCTGAGCATCAACGTGTCGCCAGCGAATGTCTTCCGAGTCGCTCTCAGCATCGCTCTATACGCCGTCAATGCTGCCTCGCTCCCCATTCCTGTCTTACTACGACGTCGTTTTCGAATCACCCTTCACACTATCGATCCAAGATGACTACAAAATTGGAACCCCAAATCGCAGCGCCGAGCGACTAAGAAATTATTTACCAACGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006777
ATGTCTTCCGAGTCGCTCTCAGCATCGCTCTATACGCCGTCAATGCTGCCTCGCTCCCCATTCCTGTCTTACTACGACGTCGTTTTCGAATCACCCTTCACACTATCGATCCAAGATGACTACAAAATTGGAACCCCAAATCGCAGCGCCGAGCGACTAAGAAATTATTTACCAACGTTTTTGGTCCAATCAGCAGATCTAACCGCAGACTCGGCATCGAAGGAGGATCTGCAGCAGACAATGGATTTGAGGAAGAGGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789894.1
MSSESLSASLYTPSMLPRSPFLSYYDVVFESPFTLSIQDDYKIGTPNRSAERLRNYLPTFLVQSADLTADSASKEDLQQTMDLRKRKWMISNRESAWRSRLRKQKHMEELIAQVANRFQIRRRWPQHHRRRCSIRRPHDRVIEVRALQRQIVQL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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