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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000779

染色体: Chr01 坐标: 16983283-16986384 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000779
名称SmilChr01G000779
描述metal tolerance protein B
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向16983283 - 16986384 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006782
GeneID131006782
locus_tag-
NCBI NameLOC131006782
原始查询SmilChr01G000779

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述metal tolerance protein B
产物metal tolerance protein B
ArabidopsisAT2G29410 (MTPB1)
metal tolerance protein B1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817490]
identity=49.4; qcov=0.915; evalue=1.89e-109; confidence=high
RiceOs05g0128400 (OsMTP1)
-
identity=42.2; qcov=1.05; evalue=1.25e-99; confidence=medium
GOGO:0005385 (zinc ion transmembrane transporter activity); GO:0005773 (vacuole); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0071577 (zinc ion transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF01545 (Cation_efflux); PF16916 (ZT_dimer)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006782

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 1.00000 XP_057789898.1
2 Vacuole membrane 液泡膜 1.00000 XP_057789898.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057789898.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789898.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789898.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:16983414 GGT G 2bp_deletion frameshift_variant 3 A4,B39,B91
Chr1:16983414 GGT G 2bp_deletion CDS_variant 3 A4,B39,B91
Chr1:16983418 T TCC 2bp_insertion frameshift_variant 3 A4,B39,B91
Chr1:16983418 T TCC 2bp_insertion CDS_variant 3 A4,B39,B91
Chr1:16983438 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A4,B39,B91
Chr1:16983704 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B83,C55,C86,D9
Chr1:16983753 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B25,C80,D10
Chr1:16983942 GGC G 2bp_deletion frameshift_variant 2 A16,B29
Chr1:16983942 GGC G 2bp_deletion CDS_variant 2 A16,B29
Chr1:16984042 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A16,B29
Chr1:16984195 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B122,B13,B26,B4,C36
Chr1:16984334 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B25,B98,C80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789898.1
372 aa
N
1
186
372
Cation_efflux
ZT_dimer
C
PF01545 Cation_efflux 52-293 aa PF16916 ZT_dimer 297-371 aa
XP_057789899.1
372 aa
N
1
186
372
Cation_efflux
ZT_dimer
C
PF01545 Cation_efflux 52-293 aa PF16916 ZT_dimer 297-371 aa
XP_057789900.1
372 aa
N
1
186
372
Cation_efflux
ZT_dimer
C
PF01545 Cation_efflux 52-293 aa PF16916 ZT_dimer 297-371 aa
XP_057789901.1
372 aa
N
1
186
372
Cation_efflux
ZT_dimer
C
PF01545 Cation_efflux 52-293 aa PF16916 ZT_dimer 297-371 aa
XP_057789902.1
378 aa
N
1
189
378
Cation_efflux
ZT_dimer
C
PF01545 Cation_efflux 58-299 aa PF16916 ZT_dimer 303-377 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789898.1 Pfam PF01545 Cation_efflux Domain 52 293 1.4e-41 143.2 Cation efflux transmembrane domain
XP_057789898.1 Pfam PF16916 ZT_dimer Domain 297 371 2.4e-14 53.8 Cation efflux protein, cytoplasmic domain
XP_057789899.1 Pfam PF01545 Cation_efflux Domain 52 293 1.4e-41 143.2 Cation efflux transmembrane domain
XP_057789899.1 Pfam PF16916 ZT_dimer Domain 297 371 2.4e-14 53.8 Cation efflux protein, cytoplasmic domain
XP_057789900.1 Pfam PF01545 Cation_efflux Domain 52 293 1.4e-41 143.2 Cation efflux transmembrane domain
XP_057789900.1 Pfam PF16916 ZT_dimer Domain 297 371 2.4e-14 53.8 Cation efflux protein, cytoplasmic domain
XP_057789901.1 Pfam PF01545 Cation_efflux Domain 52 293 1.4e-41 143.2 Cation efflux transmembrane domain
XP_057789901.1 Pfam PF16916 ZT_dimer Domain 297 371 2.4e-14 53.8 Cation efflux protein, cytoplasmic domain
XP_057789902.1 Pfam PF01545 Cation_efflux Domain 58 299 1.4e-41 143.2 Cation efflux transmembrane domain
XP_057789902.1 Pfam PF16916 ZT_dimer Domain 303 377 2.5e-14 53.8 Cation efflux protein, cytoplasmic domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933918.1
AAACATGTAAGAATTTGTCAAAATTAAATATACTGTTTTTAGTCGTCTGAGACTGAAAGATAAATAAACATTGTTCTTCCAGTTTTATTTTATTTTTTTAATTTTTTTTAAAAACCCTTTGTATGTCCTAAATAAATTGTATTGCCTGATAAATAAATAAATTAAATTTTTACTGTGCAACAGAAGCAAGTAAAACTAAATTCAACGGCTATCAACATACGAGCAAATCTCAAATTCATTTTAATTTGCCAACTGATGTT...
XM_057933915.1
TTTACTGTGCAACAGAAGCAAGTAAAACTAAATTCAACGGCTATCAACATACGAGCAAATCTCAAATTCATTTTAATTTGCCAACTGATGTTCTGAAGATCTGATCGAATTTTGGGAAAGTATAAATAAATGCATATATTCTGCTTTCATTCAAGTTTCTTCGATTCAGCAGTCGCCGCCCTTTGTCTCGTCCTTTATAATGGGAGGCGATAAAGTTGCTCGGTTCAACTTTTTCTTGGTTTCTGAAGCTTCGAATTTGG...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131006782
ATGAATTCTCATTTGCAGATGGGACAGGAGATAGCCATTGGACCAGAACTTACTAATCTCCCTCAAGACCACAAGTTCTCGTGCAGCAACACTTGTCCATTCTCAGAGCACGACTACAGTCAGTCGGATTCAGCACAACGATCAAAGACAGCTATCAAACTTGGTGGGCTTATACTCTGTTACCTTATAGTCATGGTAATCGAGATTGTTGGAGGTCTGAAAGCCAACAGCTTAGCTATTCTTACTGATGCAGCTCACTT...
LOC131006782
ATGGGACAGGAGATAGCCATTGGACCAGAACTTACTAATCTCCCTCAAGACCACAAGTTCTCGTGCAGCAACACTTGTCCATTCTCAGAGCACGACTACAGTCAGTCGGATTCAGCACAACGATCAAAGACAGCTATCAAACTTGGTGGGCTTATACTCTGTTACCTTATAGTCATGGTAATCGAGATTGTTGGAGGTCTGAAAGCCAACAGCTTAGCTATTCTTACTGATGCAGCTCACTTGCTGTCTGATATTGCTGG...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057789898.1
MGQEIAIGPELTNLPQDHKFSCSNTCPFSEHDYSQSDSAQRSKTAIKLGGLILCYLIVMVIEIVGGLKANSLAILTDAAHLLSDIAGFSISLFTVWVSGWMATPEHSFGYHRVEVIGALISVQLIWVMSVSLIYEAIKRLITKQTEVNGRLMFGIAAFSLVVNIILVLWLGHDHSHHGHSHHAHSHHHSHSHHNCKDDGHNHEEEESRTGDEESTNLVSSPHGSSHMLNINIRGAYLHIICDCIQSIAAMVAGVFIWIKP...
XP_057789899.1
MGQEIAIGPELTNLPQDHKFSCSNTCPFSEHDYSQSDSAQRSKTAIKLGGLILCYLIVMVIEIVGGLKANSLAILTDAAHLLSDIAGFSISLFTVWVSGWMATPEHSFGYHRVEVIGALISVQLIWVMSVSLIYEAIKRLITKQTEVNGRLMFGIAAFSLVVNIILVLWLGHDHSHHGHSHHAHSHHHSHSHHNCKDDGHNHEEEESRTGDEESTNLVSSPHGSSHMLNINIRGAYLHIICDCIQSIAAMVAGVFIWIKP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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