Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000783

染色体: Chr01 坐标: 17046258-17047118 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000783
名称SmilChr01G000783
描述uncharacterized SmilChr01G000783
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向17046258 - 17047118 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988403
GeneID130988403
locus_tag-
NCBI NameLOC130988403
原始查询SmilChr01G000783

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os03g0439900; species=rice; confidence=low
产物hit=Os03g0439900; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs03g0439900
-
identity=31.3; qcov=0.916; evalue=4.99e-30; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988403

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057768241.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057768241.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057768241.1
4 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057768241.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768241.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:17046363 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr1:17046365 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C22,C71
Chr1:17046386 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A19,B106,B15,B63,C7
Chr1:17046388 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B49
Chr1:17046392 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B114,C85
Chr1:17046420 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B132,C71,C73
Chr1:17046425 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,A22,B21
Chr1:17046434 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B66,C26
Chr1:17046440 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B37
Chr1:17046446 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B35,B69
Chr1:17046455 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A14,B51,C41
Chr1:17046458 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 C49

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912258.1
ATGGCGAGGGCCCCAGCCGACCAGAGGGACAGGTCCAAGTGGTGTGAGTTCCATGCAGACCATGGGCATCGGACAGAGGATTGCATCGCCCTCAGATTGGAAGTGGCCCACCTACTAAATCAAGGCCACCTCACCGATTACCTAACCAAAAAGGGCAAGCTTACCCTACAACAAGGAAGGGAAAGACAAGAGAAACACAGAGACGACAGCCCACCAGACCCGCCACATCATGAGAGAACTGTGAATGTGATATCCGGAGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988403
ATGGCGAGGGCCCCAGCCGACCAGAGGGACAGGTCCAAGTGGTGTGAGTTCCATGCAGACCATGGGCATCGGACAGAGGATTGCATCGCCCTCAGATTGGAAGTGGCCCACCTACTAAATCAAGGCCACCTCACCGATTACCTAACCAAAAAGGGCAAGCTTACCCTACAACAAGGAAGGGAAAGACAAGAGAAACACAGAGACGACAGCCCACCAGACCCGCCACATCATGAGAGAACTGTGAATGTGATATCCGGAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057768241.1
MARAPADQRDRSKWCEFHADHGHRTEDCIALRLEVAHLLNQGHLTDYLTKKGKLTLQQGRERQEKHRDDSPPDPPHHERTVNVISGGSEVSGITHSAAKRHARQARSSKTVAPPSGKAGPTDPTLTISFATSESDKLLHPHHDALVISIYIANCLTKRVLIDNGSSANILFFSAYREMGLDESKLIKKAAVLVGFSGESTTTVGEIDLPIYAEGVNLSTRFLVVDAPSAYNVILGRPWIHKMEAVPSTYHQVIRFPTKWG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器