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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000798

染色体: Chr01 坐标: 17237048-17239706 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000798
名称SmilChr01G000798
描述uncharacterized SmilChr01G000798
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向17237048 - 17239706 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988947
GeneID130988947
locus_tag-
NCBI NameLOC130988947
原始查询SmilChr01G000798

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述Nucleic acid-binding, OB-fold-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841728]; symbol=AT1G52950; hit=AT1G52950; species=arabidopsis; confidence=low
产物Nucleic acid-binding, OB-fold-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841728]; symbol=AT1G52950; hit=AT1G52950; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT1G52950 (AT1G52950)
Nucleic acid-binding, OB-fold-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841728]
identity=27.5; qcov=0.924; evalue=3.25e-09; confidence=low
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988947

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057768940.1
2 Telomere 端粒 0.20000 XP_057768940.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768940.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057768940.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057768940.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:17237366 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B51,B65,B89,D10
Chr1:17237386 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108
Chr1:17237624 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B139,B95
Chr1:17237639 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B125,B126,B5,B6,C19
Chr1:17237667 C CCA 2bp_insertion frameshift_variant 6 A22,B21,B44,B82,B85,C68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912957.1
ATCACGGTGCAAGCAGCGTTTCTCACCCAGCCTGCAAGCAGCGTTTCTCACCCAGCCGTCCGTTTACTGCCTCAATCACGGTGCAAGCGGCGTTTCTCTCTTTTTGCTTGGAGGCTGGAGCGTTGACTACCAATTCACCCAGCCGTCCGTTTACTGCCTCAATCACGGTGCAAGCAGCGTTTCTCTCTTTTTTTCATCTACTCCCCTAAAAATTCTCTCAATCTCAGTGACGTTTCACTGCAATCAAGTCAGAAATTCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988947
ATGATAGAAAAATTTCAAGTGTTGAAAAACAAGCCCAATCTCCAAAATGCAAAGATCAATCATGCGTGTAAGATTGGCTTCAGCCTTGCTTCGAAAGTGTCAATGCAAAACGAAAATGTCAAAATTACCGAAAATGGTTTTGATTTCATTTGTTTCAAGGATATATGCATGCACGACCCGACATTCGTCGTGGATATTCTTGGTGAAGTTCAGACCCCAATTATTAACATTGATTGGGTGGAATTCAAAAATAGCAAAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057768940.1
MIEKFQVLKNKPNLQNAKINHACKIGFSLASKVSMQNENVKITENGFDFICFKDICMHDPTFVVDILGEVQTPIINIDWVEFKNSKVSKSDVIITDTDGTRLTCVLWGSFADQLKSFMDSKSKEDKETVIIALQFAMISKFKGETKVSTMKNATRFFIRPDIQEVKNFIQSLTYIIQHYEDFDKF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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