Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G000821`

染色体: Chr01 坐标: 17721966-17722389 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G000821`
名称	SmilChr01G000821
描述	patellin-3-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	17721966 - 17722389 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131006816`
GeneID	`131006816`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131006816`
原始查询	`SmilChr01G000821`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	patellin-3-like
产物	patellin-3-like
Arabidopsis	`AT1G72160` (AT1G72160) Sec14p-like phosphatidylinositol transfer family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843547] identity=65; qcov=0.667; evalue=1.4e-17; confidence=low
Rice	`Os05g0429400` - identity=54.1; qcov=0.678; evalue=2.23e-13; confidence=low
GO	GO:0008289 (lipid binding)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131006816

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	0.40000	`XP_057789952.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057789952.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057789952.1`
4	Mitochondrion membrane	线粒体膜	0.20000	`XP_057789952.1`
5	Endoplasmic reticulum	内质网	0.20000	`XP_057789952.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:17722001`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B27,B29
`Chr1:17722149`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B60
`Chr1:17722181`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	166	A1,A13,A18,A2,A20,A23,A25,A3,A5,A7,B1,B10,B100,B101,B104,B105,B106,B108,B11,B112,B113,B115,B12,B120,B121,B123,B127,B128,B130,B131,B132,B134,B136,B137,B138,B140,B19,B20,B21,B22,B23,B24,B25,B26,B27,B28,B31,B34,B36,B38,B39,B4,B40,B41,B42,B43,B46,B49,B50,B52,B53,B54,B55,B56,B57,B59,B6,B60,B61,B62,B63,B64,B7,B72,B73,B74,B75,B78,B79,B8,B80,B81,B82,B83,B84,B85,B86,B90,B91,B92,B95,B96,B97,B98,B99,C1,C10,C11,C14,C15,C16,C17,C19,C2,C20,C21,C22,C23,C24,C27,C28,C29,C30,C31,C32,C33,C36,C37,C38,C4,C40,C41,C43,C44,C46,C47,C48,C49,C5,C50,C51,C52,C53,C54,C55,C56,C57,C58,C59,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C70,C72,C73,C74,C75,C76,C80,C81,C82,C86,C87,D1,D10,D11,D2,D3,D4,D6,D7,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057933969.1
GTTAAAGGCTAACTGATGGTGTCGATTGATTTCTTGGAGAAGTTTTTGAGGTTCTACATTCAGTTCTTGGAGAAGAACATCAGGAAGCTTGATTTCAGCCCCGAGGGGGCTTGCACGATTGTGCAGGTAACTGATCTCAAGAACTCGCCTGGGTTGTTCATGTTCAAGAAGGAACTGAGGCAGGCGGTAAATCAAGCCCTGCAACTGCTGCAGGATATTATCCAGAGTTCGTTGCCAAACAGGTGTTCATCAATGTGCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131006816
ATGGTGTCGATTGATTTCTTGGAGAAGTTTTTGAGGTTCTACATTCAGTTCTTGGAGAAGAACATCAGGAAGCTTGATTTCAGCCCCGAGGGGGCTTGCACGATTGTGCAGGTAACTGATCTCAAGAACTCGCCTGGGTTGTTCATGTTCAAGAAGGAACTGAGGCAGGCGGTAAATCAAGCCCTGCAACTGCTGCAGGATATTATCCAGAGTTCGTTGCCAAACAGGTGTTCATCAATGTGCCATGGTGGTACGTTGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057789952.1
MVSIDFLEKFLRFYIQFLEKNIRKLDFSPEGACTIVQVTDLKNSPGLFMFKKELRQAVNQALQLLQDIIQSSLPNRCSSMCHGGTLLTIG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器