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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000825

染色体: Chr01 坐标: 17789722-17792052 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000825
名称SmilChr01G000825
描述uncharacterized SmilChr01G000825
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向17789722 - 17792052 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990555
GeneID130990555
locus_tag-
NCBI NameLOC130990555
原始查询SmilChr01G000825

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述TTF-type zinc finger protein with HAT dimerization domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838509]; symbol=AT1G19260; hit=AT1G19260; species=arabidopsis; confidence=medium
产物TTF-type zinc finger protein with HAT dimerization domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838509]; symbol=AT1G19260; hit=AT1G19260; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT1G19260 (AT1G19260)
TTF-type zinc finger protein with HAT dimerization domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838509]
identity=38.8; qcov=0.99; evalue=0; confidence=medium
RiceOs02g0301400
-
identity=34; qcov=0.508; evalue=7.32e-78; confidence=low
GOGO:0046983 (protein dimerization activity)
KEGG-
PfamPF05699 (Dimer_Tnp_hAT); PF14291 (DUF4371); PF27073 (FAM200-ZBED5_RNase-like)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990555

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057770784.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057770784.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770784.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770784.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057770784.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770784.1
776 aa
N
1
388
776
DUF4371
FAM200-ZBED5_RNase-like
Dimer_Tnp_hAT
C
PF14291 DUF4371 115-355 aa PF27073 FAM200-ZBED5_RNase-like 248-358 aa PF05699 Dimer_Tnp_hAT 662-751 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770784.1 Pfam PF14291 DUF4371 Domain 115 355 9.1e-84 281.4 ZMYM1/FAM200, RNase-like domain
XP_057770784.1 Pfam PF27073 FAM200-ZBED5_RNase-like Domain 248 358 1.3e-12 48.4 FAM200/ZBED5 RNase-like
XP_057770784.1 Pfam PF05699 Dimer_Tnp_hAT Domain 662 751 2.2e-09 37.7 hAT family C-terminal dimerisation region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914801.1
ATGGCCGCTGGAAATCAAACTAATCAATCTCATTCACTTGAATCACCTCCTATGGAGCAAAATTCAGTTACATGTATTGAGCGTGATCCGGGTAAAAGGAAACAATTGTGTGAATATTCTGTTAATGCACGAGATGATATAAGACGTGCATATCTAAAAGCTGGGCCTTATCAACCGAAAATGGAAGCGTATCCTGTTACAAAGTTTGGCACTCAAAATCGTAGCTTTCAGAAGAGATGGTTTGATAAGTTTCATTGGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990555
ATGGCCGCTGGAAATCAAACTAATCAATCTCATTCACTTGAATCACCTCCTATGGAGCAAAATTCAGTTACATGTATTGAGCGTGATCCGGGTAAAAGGAAACAATTGTGTGAATATTCTGTTAATGCACGAGATGATATAAGACGTGCATATCTAAAAGCTGGGCCTTATCAACCGAAAATGGAAGCGTATCCTGTTACAAAGTTTGGCACTCAAAATCGTAGCTTTCAGAAGAGATGGTTTGATAAGTTTCATTGGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770784.1
MAAGNQTNQSHSLESPPMEQNSVTCIERDPGKRKQLCEYSVNARDDIRRAYLKAGPYQPKMEAYPVTKFGTQNRSFQKRWFDKFHWLEYSLSTNKAYCFYCFLFISEVNLPGSSALVKEGFDNWKRINQGKNCAFLTHVGSAATSPHTMCLRRAEDLMRPVGHIDKVMHSQTIIEKERNRLRLKTSITSLRWLALQGCAFRGHDESSSSSNRGNFIELVKAFANMNKEVNEVVLDNAPKNAQYIAPEIQKELLNIMANRV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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