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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000846

染色体: Chr01 坐标: 18312378-18313818 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000846
名称SmilChr01G000846
描述uncharacterized SmilChr01G000846
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向18312378 - 18313818 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991537
GeneID130991537
locus_tag-
NCBI NameLOC130991537
原始查询SmilChr01G000846

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low
产物hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs06g0523701
-
identity=42.7; qcov=0.312; evalue=2.15e-26; confidence=low
GOGO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG-
PfamPF24964 (DUF7769)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991537

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057771833.1
2 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057771833.1
3 Telomere 端粒 0.20000 XP_057771833.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771833.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057771833.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:18312389 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B19,B57
Chr1:18312404 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A4,B99,C17,C3,D8
Chr1:18312405 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 14 A22,B119,B12,B3,B47,B63,B65,B99,C17,C24,C3,C51,D6,D8
Chr1:18312527 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 A3
Chr1:18312527 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A3
Chr1:18312536 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D2
Chr1:18312556 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B8,B88,C22
Chr1:18312684 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B96
Chr1:18313028 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B55,D1
Chr1:18313052 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A4
Chr1:18313069 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B19,B38,B39,B57,C74
Chr1:18313075 ACC A 2bp_deletion frameshift_variant 1 B129

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771833.1
352 aa
N
1
176
352
DUF7769
C
PF24964 DUF7769 8-62 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771833.1 Pfam PF24964 DUF7769 Domain 8 62 1.6e-10 41.2 Domain of unknown function (DUF7769)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915850.1
ATGGCTAAAGAAAGGCCAAAGTTACAAGATGATCAAAGAAACAAAGTTGCCCAGTGGCTATTAGAGCATAGCAGTGAAGGCAACCTTCGCCATGGAGCAAAAAAAGAGGCGGCACTTCACTTCAAAGTAAACTTGAAGACCATTTGGAGGATTTGGAGCCAAGTCTCCAATCAAAGAGCATCCGGTGTACCTGTCCAGGAGAAAAAACTGAAACCACATACAAATGCCATAAAACCCTTCCTTACCACACAAAACAAGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991537
ATGGCTAAAGAAAGGCCAAAGTTACAAGATGATCAAAGAAACAAAGTTGCCCAGTGGCTATTAGAGCATAGCAGTGAAGGCAACCTTCGCCATGGAGCAAAAAAAGAGGCGGCACTTCACTTCAAAGTAAACTTGAAGACCATTTGGAGGATTTGGAGCCAAGTCTCCAATCAAAGAGCATCCGGTGTACCTGTCCAGGAGAAAAAACTGAAACCACATACAAATGCCATAAAACCCTTCCTTACCACACAAAACAAGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771833.1
MAKERPKLQDDQRNKVAQWLLEHSSEGNLRHGAKKEAALHFKVNLKTIWRIWSQVSNQRASGVPVQEKKLKPHTNAIKPFLTTQNKLCRLRWSLKQLSGVSEDGFIPFQSMYNTIHIDEKWFYLTKTNDRYYLLPDEEEPHRTCKSKRHIEKIMFMCAAARPIIDEDGTVIFDGKLGIYPFITIEPAQRNSKNRVKGTLEVKAIAAITKPIIRDSLIKQPANSPDTNVNDLEFFRAIQSLKDQKPAKNVEELLENVKAAY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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