当前解析结果
SmilChr01G000846| 统一新 Gene ID | SmilChr01G000846 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G000846 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr01G000846 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 18312378 - 18313818 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130991537 |
|---|---|
| GeneID | 130991537 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130991537 |
| 原始查询 | SmilChr01G000846 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os06g0523701- identity=42.7; qcov=0.312; evalue=2.15e-26; confidence=low |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF24964 (DUF7769) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130991537 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057771833.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.20000 | XP_057771833.1 |
| 3 | Telomere | 端粒 | 0.20000 | XP_057771833.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057771833.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057771833.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:18312389 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B19,B57 |
Chr1:18312404 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A4,B99,C17,C3,D8 |
Chr1:18312405 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 14 | A22,B119,B12,B3,B47,B63,B65,B99,C17,C24,C3,C51,D6,D8 |
Chr1:18312527 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | A3 |
Chr1:18312527 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A3 |
Chr1:18312536 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D2 |
Chr1:18312556 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B8,B88,C22 |
Chr1:18312684 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B96 |
Chr1:18313028 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B55,D1 |
Chr1:18313052 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A4 |
Chr1:18313069 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B19,B38,B39,B57,C74 |
Chr1:18313075 |
ACC |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B129 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057771833.1PF24964
DUF7769 8-62 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057771833.1 |
Pfam | PF24964 |
DUF7769 | Domain | 8 | 62 | 1.6e-10 | 41.2 | Domain of unknown function (DUF7769) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。