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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000850

染色体: Chr01 坐标: 18377903-18379460 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000850
名称SmilChr01G000850
描述uncharacterized SmilChr01G000850
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向18377903 - 18379460 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006836
GeneID131006836
locus_tag-
NCBI NameLOC131006836
原始查询SmilChr01G000850

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os02g0804400; species=rice; confidence=low
产物hit=Os02g0804400; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT3G15900 (AT3G15900)
homoserine O-acetyltransferase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820833]
identity=53.9; qcov=0.551; evalue=7.14e-16; confidence=low
RiceOs02g0804400
-
identity=55.2; qcov=0.492; evalue=3.27e-16; confidence=low
GOGO:0009507 (chloroplast)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006836

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057789982.1
2 Chloroplast thylakoid 类囊体 1.00000 XP_057789982.1
3 Chloroplast thylakoid membrane 类囊体膜 1.00000 XP_057789982.1
4 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.40000 XP_057789982.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789982.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:18378609 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 68 A15,A19,A21,A4,B101,B110,B120,B122,B125,B126,B131,B132,B134,B135,B136,B139,B15,B18,B19,B22,B25,B26,B27,B32,B33,B36,B38,B39,B4,B42,B43,B44,B48,B50,B52,B56,B57,B59,B66,B70,B86,B87,B9,B90,B92,B96,B99,C15,C16,C18,C19,C20,C28,C3,C35,C36,C47,C50,C52,C54,C6,C74,C76,C78,C8,C82,D2,D8
Chr1:18378617 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B8,B80,C31
Chr1:18379232 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933999.1
ATGTAAGCAAACTAGATCTTTTTTCAGAAGAAGAGCAGCACGAGTTCATTATAATGAACTGCTAAATGTGTAAACGAAACATAAAAATCATTAGAAGGAAAACTGAGAAGTCAATTATTACATATTTACAGCATAATGTCATCTGTGATTAACAGCAACATATCAAAGGACCAGCCAACAAACGTGCACTACACATTAATACTAGGAACTATAGAAATACACTCATAAAGCAATGCACCGCGCCAAACCGCTGCCTCAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006836
ATGGCAATGGCAGCATCTCAGACAAGATATCGCTCATCATTGCTGCCAAACAATGCCTTAGTGCCCAGAATTGGAGCTCACCTTCACCTTAAAACGGCGTCGTTGAGGGTATTACCGCTAGTCTTTGCGTCTTCCAAGCGCCAGAGCGCCGACGACAAGCCACCGGTTGTTTCGCAGGAAGACGTGAAGTATTTGGTGCAATTAGGAGGCGCGTCGGTGGCAGGTGCAGCGGCCATAAAATATGGAAGCATTATATTTCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789982.1
MAMAASQTRYRSSLLPNNALVPRIGAHLHLKTASLRVLPLVFASSKRQSADDKPPVVSQEDVKYLVQLGGASVAGAAAIKYGSIIFPEMTQPNLAQALFMIFAPLAVVVFLLFKQSRV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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