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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000861

染色体: Chr01 坐标: 18525937-18527077 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000861
名称SmilChr01G000861
描述uncharacterized SmilChr01G000861
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向18525937 - 18527077 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991857
GeneID130991857
locus_tag-
NCBI NameLOC130991857
原始查询SmilChr01G000861

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os03g0439900; species=rice; confidence=low
产物hit=Os03g0439900; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs03g0439900
-
identity=33.3; qcov=0.351; evalue=2.88e-10; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991857

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057772301.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057772301.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057772301.1
4 Secreted 分泌到胞外 0.20000 XP_057772301.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772301.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:18525951 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B14,B52
Chr1:18525979 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B105,B13,B59
Chr1:18525990 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,B124,B134,B140
Chr1:18525993 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B138,B44,B87,C36,C75
Chr1:18526006 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 11 A4,B134,B14,B15,B27,B43,B48,B94,C76,C9,D5
Chr1:18526009 G GTA 2bp_insertion frameshift_variant 13 A20,B103,B113,B123,B128,B138,B26,B28,B60,B73,C15,C31,C50
Chr1:18526010 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 4 A20,A4,B14,B87
Chr1:18526010 GA G 1bp_deletion CDS_variant 4 A20,A4,B14,B87
Chr1:18526044 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A20,B26
Chr1:18526070 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr1:18526075 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B28,B60,C60
Chr1:18526086 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916318.1
ATGCTGCGGAAGTACACTGCCCGATTTAATCTCACTGCTCTGGAGGTTCCAGAGGCAGAGTCACAAATAAAAAGCTGCGCATATGTTAGAGGGTTGAAGCCTGGGCTTTTCTTTGACGAGTTACAGATCAGGCCAGCGAGAGATTTTGATGACGTCATGTCAAGACTACCAGGGTATTTGCAATTAGAGGATGCCCGAACGGCACGAAAGGCAGAAAATGACAAGCATGGGGCCAAAAGGGACGAGGCCGCACCAAAGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991857
ATGCTGCGGAAGTACACTGCCCGATTTAATCTCACTGCTCTGGAGGTTCCAGAGGCAGAGTCACAAATAAAAAGCTGCGCATATGTTAGAGGGTTGAAGCCTGGGCTTTTCTTTGACGAGTTACAGATCAGGCCAGCGAGAGATTTTGATGACGTCATGTCAAGACTACCAGGGTATTTGCAATTAGAGGATGCCCGAACGGCACGAAAGGCAGAAAATGACAAGCATGGGGCCAAAAGGGACGAGGCCGCACCAAAGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772301.1
MLRKYTARFNLTALEVPEAESQIKSCAYVRGLKPGLFFDELQIRPARDFDDVMSRLPGYLQLEDARTARKAENDKHGAKRDEAAPKQNNRNQDRAPFRRYCGHLKHQLELLVRHGNLDQFIARGKEGQGQQAQGNDQRQAQGNDRDRRPKKNHDQRRGIIQARVPPHPARREVHVIFGENGLPTSNRAKKQVVREVRSGYYPKQVMEITNAAEEPAITFGSEDLRTLMYPHHDALVFTVDIASCIVHRIFVDSGSAVNIL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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