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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000878

染色体: Chr01 坐标: 18659187-18660847 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000878
名称SmilChr01G000878
描述two-component response regulator ARR14-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向18659187 - 18660847 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006859
GeneID131006859
locus_tag-
NCBI NameLOC131006859
原始查询SmilChr01G000878

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述two-component response regulator ARR14-like
产物two-component response regulator ARR14-like
ArabidopsisAT3G16857 (RR1)
response regulator 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820940]
identity=60.4; qcov=0.265; evalue=1.72e-13; confidence=weak
RiceOs10g0463400 (EF1)
-
identity=58; qcov=0.276; evalue=3.62e-12; confidence=weak
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006859

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057789994.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789994.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789994.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057789994.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057789994.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:18659480 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C38
Chr1:18659693 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C43
Chr1:18659734 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A25,C62
Chr1:18659779 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B40
Chr1:18659798 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 3 A1,B3,B86
Chr1:18659798 A AG 1bp_insertion CDS_variant 3 A1,B3,B86
Chr1:18659881 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A1,B3,B86,C5,D11
Chr1:18659918 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C19,C82
Chr1:18659941 TGC T 2bp_deletion frameshift_variant 4 B24,B68,B82,C85
Chr1:18659941 TGC T 2bp_deletion CDS_variant 4 B24,B68,B82,C85
Chr1:18659976 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B49,B71
Chr1:18659992 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B3,B86,C5,C55

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934011.1
CTATAGTAAGACGAATTTACAAGAAAAAGAGACGACAAGTGCAAAGTACAAAACCAAGGTTTGGATGGAGTGGACTCTCGACCTTCATCGCAAATTCATGGCTGCAGCCAACTTTCTTGGACAAGGAAGATGCTACCCAAGGGAGATTCTAGAAATAATGAATGTACCAGGTCTTACCAGAATGCAAGTGGCTAGTCATCTTCAGAAATGCCGCAACGCTAAGTGGCTGCCTCCAAACGAGAGAAAATCAAAAGCAGCAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006859
ATGGAGTGGACTCTCGACCTTCATCGCAAATTCATGGCTGCAGCCAACTTTCTTGGACAAGGAAGATGCTACCCAAGGGAGATTCTAGAAATAATGAATGTACCAGGTCTTACCAGAATGCAAGTGGCTAGTCATCTTCAGAAATGCCGCAACGCTAAGTGGCTGCCTCCAAACGAGAGAAAATCAAAAGCAGCAGCTAAGAGCAGAAAAGAAAGCAAAGCTCCGAGGGCAAGACCACTGCGATTCGGAGCTATGCCTTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789994.1
MEWTLDLHRKFMAAANFLGQGRCYPREILEIMNVPGLTRMQVASHLQKCRNAKWLPPNERKSKAAAKSRKESKAPRARPLRFGAMPFGEDEDNHHHGFYLLDSDIMEEEFGFPDYPLTNLENPFQFIDSEMHFHQDLEMDLNEDWDSFILDGGEVSDVAVAACHDGLNPDMENEQGQKREG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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